後來受道教啟發，摩尼教改名為祆教，以黑暗和光明為教義。為了貫徹這壹指導思想，明教時不時會搞壹些反叛的行動，以追求光明。尤其是北宋末年，明教起義頻繁發生，首領被稱為明教首領。
方臘，歷史上著名的明教教主，曾多次領導明教起義，壹度是宋朝朝廷的壹大心腹大患。經過漫長的拉鋸戰，最終被官方勢力消滅，但仍有不少明教殘余。到了元朝，明教再次造反，史稱“紅巾軍”。
後來最大的明教朱元璋建國，建立了明朝。老朱自己也知道明教的勢力和影響，所以上臺後就開始打壓明教。在永樂皇帝朱迪統治期間，明教創始人唐賽兒發動了壹次起義，但很快被政府鎮壓，並長期處於休眠狀態。
滿清入關，明教乘機復興，改名“白蓮教”，開始大規模征兵起義。特別是嘉慶年間，安百裏教已經發展成為壹個規模龐大的武裝組織，人數達數十萬，橫跨數省，與清廷對峙長達九年之久。清廷花費大量財力人力鎮壓白蓮教，也說明明教真的很NB。