春秋戰國時期，鳳凰為“五溪苗地”，屬楚國領土。根據對該縣出土文物的考證，當時中原文化曾在此產生影響。秦統壹全國，全國分三十六郡，鳳凰當時是黔中壹郡。
漢高祖五年，黔中郡為武陵郡。所以鳳凰在西漢和東漢都是辰陽郡的地，屬於武陵郡。
三國時期，鳳凰先屬晨陽郡、武陵郡，後歸蜀。劉備戰敗後，吳占其地，鳳凰仍屬武陵郡。
西晉時鳳凰屬槁城郡，隸屬武陵郡。東晉時為舞陽郡、武陵郡。
南北朝時期，鳳凰壹直屬於武陵郡。
隋朝統壹全國，改辰陽縣為辰溪縣。鳳凰當時屬於辰溪縣，隸屬沅陵縣。
唐初，屬金州，唐高祖武德三年，屬麻陽縣，鳳凰屬麻陽縣。唐以後，拱懸三年，鳳凰脫離麻陽縣，次年設未央縣，在縣址設黃四橋，即現在的黃四橋古城。固陽縣隸屬錦州廬陽縣。
宋太宗第七年，未央縣改為趙宇縣。宋神宗熙寧八年，廢趙宇縣，恢復麻陽縣，未央劃歸麻陽縣。
元朝設五寨司，屬泗州綏靖司。這是土司政權時期，本縣少數民族的統治人物當政，五寨司就在今天的鳳凰縣。
明代采用元制，有五寨龍官司和極官司兩個官司，都由保靖宣威司管轄。明朝永樂三年，對店子坪主任的訴訟仍由保靖宣威司管轄。龍第三年，鳳凰營在鳳凰山建立。
清朝順治三年，為了鎮壓苗族，清朝采取了壹系列軍事和政治措施，在五寨司設立了鎮桿會副司令。清康熙三年，為陳淵、永靖統治。康熙三十九年，園洲鎮連長移至五寨司城，正安副司令在園洲解任。
鳳凰古城康熙四十三年，苗人改造，土司斷絕，鳳凰營設在本縣，設鳳凰山原鳳凰營。潼關本應管理地方行政，但當時是土司掌權，形成了水土並存的局面。雍正七年，陳設為駐防道。乾隆元年，元州改府兵，十六年，鳳營改鳳廳，升為同知。嘉慶二年，鳳凰廳升為直隸廳，隸屬湖南外交部。
辛亥革命後，清朝被推翻，1912年元旦，鳳凰光復。
民國二年九月，鳳凰堂廢棄，改作鳳凰郡，至今仍是湘西的軍政統治中心。
1949年鳳凰縣解放，原屬沅陵區，1955年劃歸湘西苗族自治州，1957年改為湘西土家族苗族自治州，直至現在。