深圳經濟特區的發展歷史雖然只有30多年，但卻有著6700多年的人類活動史(新石器時代中期就有土著居住在深圳)、1700多年的郡縣史、600多年的南投市史、大鵬市史、300多年的客家移民史。
先秦時期，廣東屬於南越。深圳是南越部落探索海洋的落腳點。生活在深圳沿海沙丘谷地區的南越部落以捕魚和航海為生，很少耕種。
深圳最早的前身是寶安縣，寶安設縣始於公元331年(東晉鹹和六年)。東莞縣，位於朝廷管轄的六個縣，大概涵蓋了現在的深圳、東莞、香港。郡在寶安縣(南投)。
深圳是宋代南方海上貿易的重要樞紐，隸屬於廣州象山縣。富含鹽和香料。到了元朝，這裏還以出產珍珠而聞名。
深圳的前身曾叫新安縣。公元1573年，中國明政府擴大東莞千戶守備基地，設立新安郡，建郡治南投，範圍包括現在的深圳和香港地區。經濟以鹽、茶、香料和大米為主。
公元1394年(明洪武二十七年)，東莞守備千宅、大鵬守備千宅在今天的深圳成立。有著600多年歷史的南投古城，清末以前曾是深圳、香港、澳門的政治中心。
抗日戰爭時期，南投淪陷，寶安縣政府臨時遷至東關縣。1953年，由於深圳連接廣九鐵路，人口比較多，工商業比較繁榮，所以寶安縣的誌東遷到了距離南投10公裏的深圳市場。
改革開放後，撤銷寶安縣，設立深圳市。深圳是中國最早的沿海城市之壹，粵港澳大灣區四大中心城市之壹，中國三大金融中心之壹。