1947年9月，冀魯豫行署在山東省陽谷縣城大布鄉李堂村建立衛生學校。1949年，冀魯豫行署衛生學校、哈裏森醫院從山東遷至衛輝，與惠民醫院、護理學校合並，從解放軍第三流動醫院接收了部分醫務人員和幹部。1950，平原醫學院成立。
1952，11，平原省撤銷，學校由華北管委會接管，更名為華北第二醫師學校。
1953年5月，衛生部決定將華北第二醫師學校遷至河北省通縣(今北京市通州區)。
1953年9月，河南省人民政府決定將鄭州第壹醫學博士學校、南陽第二醫學博士學校、安陽衛生學校、濮陽護理學校、華北第二醫學博士學校附屬醫院合並，在華北第二醫學博士學校舊址設立河南省薊縣醫學博士學校。
1956年7月，省衛生廳決定，河南省薊縣醫師學校更名為薊縣衛生學校。
1958年3月，河南省薊縣衛生學校更名為新鄉醫學院，隸屬新鄉地區領導。8月，學校升格為高等醫學院，開始招收專科生。
9月，1959，新鄉醫學院更名為河南省薊縣醫學院。
1962，學校更名為渝北醫學院。
6月，1982，11，學校升格為本科，命名為新鄉醫學院。
1991，學校主體由衛輝遷至新鄉新校區。
1998年6月，經國務院學位委員會批準，成為碩士學位授予單位。