作為壹座綜合性歷史博物館，昌吉博物館自開館以來，充分發揮文物收藏優勢，堅持“有效保護、合理利用、加強管理”的原則，將收藏保存、科學研究、宣傳教育等功能有機結合，舉辦多種形式的展覽，形成了基礎展、專題展、臨時展相輔相成、相互輝映的展示體系，從多個角度、多個方面向廣大觀眾揭示了歷史文物豐富的文化內涵。新館壹、二層為歷史文物展區，三層為昌吉民俗展區。老館二樓是文化成果展示區，主要展示昌吉地方文獻、書畫、攝影、剪紙等作品。博物館現設有絲綢之路汀州-昌吉州歷史文物展、昌吉民俗展、昌吉州建設發展成就展等系列展覽。其中，昌吉州歷史文物陳列是基本陳列，以出土文物為主，以時代為序。以八個單元展示了昌吉州從石器時代到明清時期的歷史沿革，凸顯了盛唐時期汀州的政治、經濟、文化。屬於四道溝遺址出土的早期石器、陶器和青銅器。唐五代時，展示了北庭故城出土的精品。後期展品有元代回鶻汗國、西夏、西遼、察合臺汗國、清代圖爾賈特等民族文物，地方色彩濃厚。“昌吉州民俗展”以衣食住行、婚姻、節日、宗教信仰、喪葬、生產、傳統藝術等民俗實物為載體，輔以生活場景，生動展示了昌吉州各民族的歷史發展脈絡和民俗風情。
多年來，昌吉博物館結合社會發展形勢，組織推出了60多個專題展覽，向社會各界介紹和宣傳昌吉歷史和改革開放成就，充分發揮了精神文明建設窗口和愛國主義教育基地的作用。自建成開放以來，博物館共接待遊客超過1萬人次，為豐富市民文化生活發揮了積極作用，為保護、管理和利用昌吉豐富的文物資源做出了重要貢獻。榮獲“全國先進集體”、“自治區愛國主義教育基地”等多項榮譽稱號，成績顯著。