影響鹹潮的主要因素是天氣變化和潮起潮落。特別是在天文大潮中，鹹潮更為嚴重。此外，全球氣候變化導致的海平面上升過程，使得鹹潮增加非常緩慢，但長期積累逐漸顯現。鹹潮的成因是1。主要原因是降水不足。
2003年全流域降雨量平均減少20%以上。廣州市番禺區沙灣水道上遊西江流域水量減少60%，2004年入冬以來降雨量銳減，導致粵南河流、湖泊、水庫水位大幅下降。目前，廣東省30座大型水庫總庫容為110484萬立方米，比2003年同期減少33636萬立方米，減少23%。降雨量的減少導致河流流量嚴重減少。2005年初，西江高要站水位為-0.06米。珠江上遊少雨，源水量減少，下遊受海水潮汐影響，形成鹹潮。鹹潮的直接原因是南粵連年幹旱。
2.珠江無序挖沙也促成了特大鹹潮的形成。
珠江口年均輸沙量8000萬噸，其中包括懸浮泥沙，而河底粗泥沙僅占總量的5% ~ 6%。人們挖出的泥沙多為粗砂，15年開采量超過8000萬噸，挖出了歷史上堆積的河砂，上遊泥沙不足以補充已挖出的河砂。
目前整個珠三角有100多艘非法采砂船，導致沒有河砂。沒有河流和沙質河段是沿河自下而上的；過度濫采河砂造成河床嚴重下切，導致鹹潮上移。
3.海平面上升加劇了鹹潮的蔓延。
海平面上升和鹹潮之間的關系是顯著的。近日，由中國科學院、廣東省科學院等13家單位、100多名科技人員歷時8年完成的壹項研究顯示，到2030年，珠三角地區海平面可能上升30厘米。研究小組的壹位研究員說，如果忽視預防措施，中國最發達的珠江三角洲地區將受到更嚴重的洪水、風暴潮、內澇和鹹潮的襲擊，並有被淹沒的危險。
4.生產和生活用水的增加加劇了鹹潮。
隨著我國南方沿海地區經濟的快速發展、工業生產規模的擴大、常住人口的增長以及生產和生活用水量的急劇增加，江河流量減少，導致當地鹹潮的入侵日益加劇。