作為韓國近代著名的思想家，韓國歷史傳記小說的代表作家、歷史學家和哲學家，他的哲學思想屬於唯心主義，但也有合理的因素:他接受達爾文的進化論思想，認為人類和歷史是進步的，即反對退化，主張進化；並提出了“人格平等”、“人權平等”的進步民主思想。作為朝鮮農民起義的領袖，全奉準(1855—1895)還提出了平等、樸素民主、愛國反侵略和以民為本的思想，是朝鮮思想史上真正代表人民利益的進步社會政治思想家。
著有《朝鮮古代史》，主張“否定民族，就沒有歷史”，強調古代朝鮮民族的歷史。並把傳說中的人物丹根充實為正史，認為扶余是民族的起源。
因為朝鮮長期被中國或日本控制，人民深受唯物主義影響，中國在儒家哲學中被視為世界的中心。沈試圖打破這種傳統認識，建立朝鮮人自己的歷史。沈歌頌了等朝鮮民族的歷史英雄，確立了朝鮮民族的獨特性，用丹根神話取代了外族始祖的歷史。
沈認為，朝鮮的古代史是壹部血淚史。在韓國古代史中，他的思想從主流儒學到社會達爾文主義的角度強調鬥爭、“我”與“非我”。