我院設有26個臨床壹、二級科室，7個醫技科室，20個職能科室。內江市腫瘤中心是以實體腫瘤和腫瘤介入治療為主，集放療、化療、綜合治療為壹體的腫瘤治療基地。近年來，腎內科、泌尿外科、康復科等專科取得了長足的進步。該院附屬內江市婦幼保健院開展了四維彩超在16周以上胎兒先天畸形診斷、乳腺疾病防治、LEEP刀治療宮頸疾病等方面的臨床應用。
市第二人民醫院各級重點專科10。建設的省重點專科為腫瘤防治專科，在建的省重點專科有醫學影像、腎內科、神經內科。腫瘤防治專業正在積極準備申報國家重點專業；市級在建重點學科有重癥醫學、泌尿外科、婦產科；科研方面，申報國家級科研項目2項(含與美國哥倫比亞大學1合作項目)、省級科研項目4項，填補我市多項空白；近三年獲得省級科技進步三等獎1項，市級科技進步二等獎2項，三等獎3項。
腫瘤防治學院:創建於1998，通過四川省衛生廳重點醫學院“腫瘤防治學院”立項，已建成內江院士工作站。腫瘤中心現擁有西門子醫用直線加速器、數字模擬定位機、高強度聚焦超聲治療機、深部射頻熱療機、內放療TPS治療系統、免疫治療機、體腔熱灌註機、介入熱灌註化療機、腫瘤藥敏檢測儀、細胞培養室、熒光顯微鏡、微陣列酶聯免疫吸附測定等壹大批腫瘤治療的高科技設備。可通過規範化手術、放療、化療、生物治療、熱療、介入治療等手段對腫瘤患者進行綜合治療。
腎內科:市二院於2007年成立了獨立的腎內科，是醫院的重點專科，床位50張。目前年治療患者1000余人，床位利用率250%，年血液透析患者9000余人，年門診4000余人次。科室可接受的疾病包括急慢性腎炎、急慢性腎功能衰竭、各種中毒疾病、蜂螫傷、原發性腎病綜合征及各種繼發性腎臟疾病。並已能開展腎活檢、臨時性和半永久性血液透析導管置入、動靜脈內瘺手術。
醫學影像科:成立於1954，已有近60年的歷史，逐步建成了集CT、MRI、普通放射、胃腸、鉬靶、介入為壹體的綜合性數字化科室，在本地區具有較強的影響力。各項目組管理人員科學合理，學院建設逐步形成了包括院長、業務副院長、科教科科長、醫學影像中心主任在內的管理團隊。近年來，開展了壹些新技術和科學研究。