1992年5月5日，江寧縣博物館在竹山公園西側建樓(現稱老樓)。
1993 8月18完成開通。
2007年4月，江寧區博物館位於竹山公園東側，新建博物館。
2008年2月，南京市文物局批準在原址建設東晉歷史文化博物館和江寧博物館。新建建築占地17.8畝，建築面積7480平方米。
2008年2月1日，江寧區博物館開始對公眾免費開放。
2011 9月28日，江寧區博物館新館正式開館。
2013，江寧區博物館被評為第二批國家三級博物館。
南京江寧博物館、東晉歷史文化博物館於2011年9月28日上午舉行了隆重的開館儀式。江寧博物館、東晉歷史文化博物館揭牌並免費向公眾開放。
南京是東晉的都城，東晉65438年至004年的歷史在中國悠久的歷史文化中占有重要地位。據江寧博物館工作人員介紹，東晉時期江寧地區發現了許多宗族墓葬，為研究東晉歷史提供了豐富的考古資料。江寧在東晉成為真正的政治中心，南京真正形成城市輪廓是在東晉。作為全國首家東晉歷史文化博物館，東晉歷史文化博物館圍繞東晉時期的歷史文化，著力打造東晉歷史文化品牌，並將成立東晉歷史文化研究會，為研究東晉歷史文化提供平臺。