目前，北京大學的院系設置如下:
科學系
北京大學數學科學研究所北京大學物理研究所北京大學化學與分子工程學院北京大學生命科學學院
北京大學城市與環境科學研究所北京大學地球與空間科學研究所北京大學心理學系北京大學建築與景觀設計研究所
信息和工程科學部
Eecs北京大學理工學院北京大學計算機科學與技術學院北京大學軟件與微電子學院
北京大學環境科學與工程研究所
人文系
北京大學中國語言文學系、北京大學歷史系、北京大學考古文化研究所、北京大學哲學系(宗教系)
北京大學外國語大學、北京大學藝術學院、北京大學戲曲研究院、對外漢語教育學院。
社會科學系
北京大學國際關系學院北京大學經濟學院北大光華管理學院北京大學法學院
北京大學信息管理系北京大學社會學系政府管理學院北京大學馬克思主義學院
北京大學教育學院北京大學新聞與傳播學院北京大學人口研究所北京大學國家發展研究院
北京大學體育教研室
醫委會
北京大學基礎醫學院北京大學藥學院北京大學公共衛生學院北京大學護理學院
北京大學醫學人文學院/醫學網絡教育學院公共教學部北京大學第壹醫院北京大學人民醫院
北京大學第三醫院北京大學口腔醫院北京大學第六醫院北京腫瘤醫院
北京大學深圳醫院北京大學首鋼醫院
跨學科班級
北京大學元培學院北京大學先進技術研究院北京大學前沿交叉學科研究院北京大學中國社會科學調查中心
北京大學分子醫學研究所北京大學李克威天文研究所北京大學核科學技術研究所北京國際數學研究中心
深圳研究生院
北京大學信息工程大學化學生物學與生物技術學院北京大學環境與能源學院北京大學城市規劃與設計學院
北京大學新材料研究所北京大學匯豐商學院北京大學跨國法學院北京大學人文社會科學學院