自十月革命(蘇聯成立)以來，亞美尼亞和阿塞拜疆就壹直在納戈爾諾-卡拉巴赫的歸屬問題上爭論不休。先是蘇聯高加索局把納戈爾諾-卡拉巴赫劃入新成立的亞美尼亞，然後又收回之前的決議，把納戈爾諾-卡拉巴赫作為獎勵送給阿塞拜疆。但是這個地方94%的人口都是亞美尼亞人，這導致了以後很大的糾紛。
在蘇聯強大的時期，兩國還能被壓制，但是在蘇聯解體之前，也就是1988年，兩國的矛盾終於爆發了。原因是阿塞拜疆試圖將納戈爾諾-卡拉巴赫地區"阿塞拜疆化"，增加納戈爾諾-卡拉巴赫的阿塞拜疆人數量，減少亞美尼亞人口。到1988年，納戈爾諾-卡拉巴赫的亞美尼亞人口減少到總人口的三分之壹。
當地的亞美尼亞領導人抱怨說，當地學校既沒有亞美尼亞教科書，電視上也沒有亞美尼亞節目，並提出了壹項將納戈爾諾-卡拉巴赫並入亞美尼亞的決議。
阿塞拜疆認為這是不合理的要求，戈爾巴喬夫也發表聲明表示不同意，但此時蘇聯已經力不從心。納卡、蘇姆蓋特、巴庫和其他地區的亞美尼亞和阿塞拜疆居民之間爆發了暴力沖突，造成重大傷亡。兩國人民深受其害。在阿塞拜疆的大多數亞美尼亞人被迫逃往亞美尼亞，在亞美尼亞的大多數阿塞拜疆人也被迫返回阿塞拜疆。
兩國獨立後，相繼建立了自己的軍隊，亞美尼亞軍隊也在納卡建立。沖突愈演愈烈，小規模戰爭時有爆發，但納卡被納卡軍牢牢控制。
國際組織多次介入，但都沒有效果。三方都拒絕首先讓步。阿塞拜疆認為，為了討論納戈爾諾-卡拉巴赫的最終地位，亞美尼亞必須從所有被占領地區撤軍；亞美尼亞堅持在撤軍前就納戈爾諾-卡拉巴赫地區的地位達成* *諒解；納卡當局要求在進壹步談判前得到正式承認。
在亞美尼亞的支持下，納戈爾諾-卡拉巴赫的軍隊不僅擊退了阿塞拜疆的多次進攻，還進壹步占領了納戈爾諾-卡拉巴赫周邊的7個地區，這7個地區合起來占原阿塞拜疆領土的13.4%。面對不利的戰局，阿塞拜疆被迫承認納戈爾諾-卡拉巴赫當局為談判者，從而開始了直接談判進程。1994年5月，阿塞拜疆、納戈爾諾-卡拉巴赫和亞美尼亞在俄羅斯的斡旋下在比什凱克簽署了停火協議。
之後納戈爾諾-卡拉巴赫地區維持了短暫的和平，從2016開始爆發激烈沖突，現在戰火又起。根本原因是領土歸屬問題和大國之間的博弈。