順治皇帝年紀輕輕即位，所以即使在位十八年，死時也只有二十四歲。誰也沒有料到順治皇帝會在這樣的年紀去世，所以在他去世的時候，陵墓還沒有動工。順治皇帝死後，朝廷開始倉促修建他的陵墓，修建時間為1661年。因為信佛的順治皇帝生前多次表示死後要火化，朝廷只能遵從他的意願。
雖然不用擔心火化後遺體的腐爛，但是為了讓順治皇帝早日下葬，陵墓的修建還是刻不容緩。在這種情況下，1661年才建成的清孝陵，在1664年順利完成主體施工。由於順治皇帝曾要求死後不得重葬，而當時清朝國庫並不十分充裕，所以清孝陵並沒有其他清陵那樣豪華。清孝陵雖然不是很豪華，但是它的地宮非常堅固，防衛也很好。
不豪華但防衛良好，這兩個因素使得清孝陵成為清代唯壹壹座從未被盜的帝王陵墓。除了順治皇帝，他的兩位後妃也葬在清孝陵。兩位皇後和順治皇帝壹樣被火化了，所以葬在清孝陵的其實是她們的骨灰盒。