三汊港歷史悠久。早在東周時期，就有先民在境內居住，修建了四合院遺址。
南北朝時期，三汊港是孝昌縣的壹個水港碼頭。《孝感縣誌》載:“孝武帝孝元年(454年)，孝昌縣令外出視察，曾駕船沿野豬湖北岸支流至三岔埠古街碼頭看事。”
在唐朝貞觀年間(627-649)，三汊港已經成為連接長江和大海的重要水路樞紐。
清代，三岔地區屬孝感縣趙主鄉。
清末至抗日戰爭前夕，達到頂峰。這裏曾被稱為“小漢口”，白天有數百根桅桿，晚上有數千盞燈。
民國時期，先後隸屬孝感縣二區、孝感縣新民鄉、中正鄉。
新中國成立初期，屬孝感縣三岔區。
1952年至1974年，三岔與朱站多次分並，並於1975年2月，將三岔(現港口鎮)所屬的三個小公社、陳釗、曹甸、趙主、元龍店區所屬的屠甸合並，組成三岔。
1985年7月，經湖北省人民政府批準，孝感市(縣)三岔鎮成立，43個行政村，2個居委會。
1993撤銷孝感市(縣)，設立孝南區、孝昌縣。這個鎮歸孝南區管轄。
2007年8月，該鎮將9個行政村劃歸孝感高新開發區哮天辦事處管理。2015年，三岔鎮轄31個行政村，3個社區。