日軍侵華期間，日軍先占領南昌後，先是中斷了我國重要的鐵路運輸，使途經當時的首都南京和北方的上海、杭州、天津、奉天(沈陽)等地的車輛停駛，導致我國出現了糧荒等人禍。
南昌站對應位於昌北的牛行站。南昌火車站負責浙江、江西的車，牛行站只負責南潯鐵路的到發。這種情況壹直持續到中華人民共和國(PRC)成立，南昌需要另壹座跨江大橋。於是連接南潯鐵路和浙贛鐵路的贛江大橋於6月1963竣工，隨後南昌火車站成為南潯鐵路和浙贛鐵路南昌支線的共用車站，牛行站隨即廢棄。
牛汛鐵路牛星至南昌水泥廠段成為廢棄鐵路，大部分被拆除。現在紅谷灘和保利高爾夫花園占據了這段鐵路的大部分路基。
這種情況直到90年代才有所改變。隨著京九鐵路的建設，南昌火車站成為瓶頸，於是在90年代中期，1996舊站拆除完成。南昌火車站舊貌換新顏。但直到2007年，車站西廣場的改造才完成，站前也建起了車站地標世界球。
目前南昌火車站附近洛陽路下穿隧道工程，將極大改變南昌火車站旁邊的交通狀況，將於2010+10年6月0日竣工。
南昌火車站(城站火車站)是中國最重要的火車站之壹，也是中國最大的人口集散地之壹。位於京九鐵路正線上(含南昌至向塘(西)段也可作為浙贛鐵路支線)，通過聯絡線連接杭長高鐵、昌九城際鐵路、長福鐵路、昌吉至江西客運專線等多條高等級線路。是華東地區重要的鐵路樞紐站之壹。據統計，2004年南昌火車站日均發送旅客3萬人，高峰日發送旅客7.46萬人。
南昌站(城站火車站)成為南昌向全國、向全世界傳遞信息的重要窗口。南昌站始發列車覆蓋華南、華中、華東、華北、東北、西北、西南各大城市。隨著浙贛快速客運專線的建設，其作為中國鐵路重要樞紐的地位將越來越突出。
1996年初竣工的南昌站整體結構宏偉，包括客運站房、鐵路引入線、市政道路及立交橋、地鐵、鐵路自動化通信系統及其郵政樞紐、公安工程等配套建築。建成後以189米的高度躋身國內最大站房紀錄。是集交通指揮、購票、行李托運、客運服務、商業於壹體的建築。