其實，六門專署早在唐初就有了大致的雛形，但這個部門並不是傳統的政府部門，而更像是現政府聘請的龐大機構。
唐代六扇門
唐初，隋朝滅亡後，仍有其他壹些殘余勢力和各種青林豪強遍布全國。當時朝廷剛剛建成禮部、吏部、兵部、刑部、工部、戶部六個部門。整體局勢不穩定，政府不正規。在這樣的特殊情況下，懲罰部成立了壹個叫六扇門的組織，秘密訓練壹些年輕人應對壹些極端事件。但後來唐朝政務正式化，六扇門逐漸被去除。
明代六扇門
明朝萬歷年間，為了處理有關國家大事的案件，朝廷設立了集武學專家、間諜、捕快、殺手於壹體的秘密組織。由於這壹組織的秘密性，又由於總部大廳三面敞開，朝南、東南、西，每面有兩扇門，故稱之為“六門”，組織成員也因行動的保密性而稱總部為“六門”。
因為這個組織行事詭異，手段兇狠，專事大案，民間廣為傳誦六門的威嚴與恐怖。時間久了，六門也怕了江湖上的所有人。這個“六門”組織在與魏忠賢的鬥爭中表現出色，但最終隨著明朝的滅亡而消失。
“六門”獨特的社會地位和工作內容，形成了“六門”辦案風格的奧秘。壹方面，“六扇門”是朝廷的官員，要受正統朝廷制度的約束；另壹方面，“六扇門”要和黑社會的江湖人直接打交道，必須熟悉江湖規矩。正因為如此，“六門”的人進了衙門，出了江湖。他們遇到很多奇怪的事情，處理起來很靈活；他們是衙門裏的江湖人，是江湖中的衙門頭目。他們代表衙門統治江湖，在江湖上權力很大，但同時又被不為朝廷效力的江湖豪傑所不齒。