地址不同:南京博物院位於中山東路321號，南京博物院位於朝天宮4號。
門票價格不壹樣:南京博物院免費開放，需要提前在小程序預約，南京博物院需要收費。
級別不同:南京博物院是全國重點文物保護單位，南京博物院是江蘇省重點文物保護單位。
歷史不同:南京博物院成立時間早於南京博物院。
藏品數量不同:南京博物院藏品達到42萬套，而南京博物院藏品相對較少。
南京博物館
南京博物院占地面積1.3萬余平方米，具有“壹院六館”格局，即歷史博物館、專題展廳、數字博物館、美術館、非遺博物館、民國博物館。
此外，院內還有“六個”研究部門，即考古研究所、文物保護研究所、古建築研究所、展覽藝術研究所、非物質遺產保護研究所和古代藝術研究所，是中國博物館唯壹的民族學研究機構。其中，文物保護研究所被稱為“文物三級醫院”，是中國國家文物局紙質文物保護重點科研基地。
南京博物館
南京博物院位於南京市秦淮區，是壹座綜合性歷史藝術博物館，南京市市級博物館，全國重點博物館之壹。
南京博物院負責南京地下遺址、古墓葬的考古調查、文物保護和藏品征集與保存。以豐富的文物、文獻和研究成果為基礎，展示了南京在中國各個歷史發展階段的發展軌跡，重點展示了南京古都的歷史文化成就。