經典:包括政教學說、倫理道德規範，主要是儒家經典，包括十三部儒家經典:《周易》、《尚書》、《周立》、《禮記》、《儀禮》、《詩經》、《春秋左傳》、《春秋楊公傳》、《春秋谷亮傳》、《論語》。專研經學，成經學。
歷史:包括歷史、地理、法規等各種體裁的著作，分為正史、年表、編年史、他史雜史、詔書、傳記、史籍、紀年、時令、地理、官職、政書、目錄、史評等15類。
子:包括諸子百家和佛道的宗教著作，分為儒家、軍事家、法家、農夫、醫生、天文算法、星象、藝術、各種記載、雜書、小說家、佛道十四類。
文集:包括歷代單個或多個作家的散文、駢文、詩歌、詞、散曲、文學評論、戲劇等作品的文集，分為楚辭、別集、詩評、詩詞五大類。
編纂《四庫全書》時，銷毀了許多對清朝不利的書籍。據統計有13600冊。燒書總數654.38+0.5萬。銷毀板材總數為170，8萬多塊。除了焚書，明朝的檔案也遭到了系統的破壞。目前明代檔案僅有3000余件，主要是天啟、崇禎兩朝的兵部檔案，還有少量洪武、永樂、宣德、成化、、嘉靖、隆慶、萬歷、泰昌等朝代的公文。