在《萬歷十五年》壹書中，黃仁宇先生主要是想借這壹年不同領域的幾個代表來窺探明朝的發展，用張、談政治，提海瑞經濟，用戚繼光代表軍事，寫李治介紹思想界。全書最重要的是他的“大歷史觀”，強調事件發生的背景與諸多原因之間的聯系和因果關系，認為壹個歷史事件的出現，是經過無數前提條件，從量變到質變的變化過程。
也許正是他的歷史觀，史料的運用，語言的表達，以及這本書討論過程中的結論，引起了專業歷史學家的爭論，也有學者不以為然。大概有以下幾個方面:
首先，他的書中有很多論述是沒有史料支撐的，甚至有很多與史實不符的地方。對壹些中國古典史料和人物思想的解讀是粗糙的，甚至是錯誤的。
其次，在語言的表達上，大多數人都是站在現代人的角度，完全用現代的標準來評價古人。對歷史上的古人沒有足夠的“理解同情”。
在歷史觀方面，他的“大歷史觀”受到了很多學者的質疑，認為過於強調因果關系的分析和歷史合理性的解釋，導致了壹些牽強附會的人物組合和歷史發展趨勢。
總的來說，很多歷史領域的學者認為這本書與其說是壹部學術著作，不如說是壹本科普書。