明朝景泰年間(1450-1456)，王建二十八代孫在老根據地修建三清宮，沿途設景，增設寺廟，耕田餵羽士。時任南京兵部尚書孫手書“三清宮”，三清山景區名氣漸大。
在清代，三清山風景區的自然美景吸引了來自四面八方的遊客。不時有程、程逸仙、毛久瑞、小、陳琳、程光弼、余朝凱等名人上山觀光，浙皖等省的香客也到三清山景區進香。三清山風景區的旅遊業得到了發展。清末民國時期，三清山景區因連年戰亂壹度衰落。近代，第二次國內革命戰爭時期，三清山風景區是皖浙贛閩邊區的革命老區之壹。建立了蘇維埃政權，發展了對外貿易，粉碎了國民政府的封鎖，成為蘇區鹽、藥、布等物資的重要補給站。
1985年，江西省人民政府批準三清山風景名勝區為省級重點風景名勝區，列為全省四大旅遊點之壹。1985，三清山風景名勝區管理局成立。1988年8月，國務院批準為第二批國家重點風景名勝區。旅遊服務設施已初具規模。分水賓館建在北麓，經營住宿、餐飲、商店、停車、攝影、導遊等業務。三清山景區的第壹、第二招待所，分水村旅行社，以及壹些個體戶經營的小吃店，也都建在山裏。在山南麓的山谷裏，新建了別墅式的香泊橋酒店、提雲嶺、日出山莊、青年茶樓。
2005年9月，被列為國家地質公園。2008年7月8日，第32屆世界遺產大會將三清山風景區列入《世界遺產名錄》，使三清山風景區成為中國第七處世界自然遺產，也是江西第壹處。9月212，21日，在葡萄牙阿洛卡舉行的11世界地質公園大會上，江西三清山風景區被聯合國教科文組織正式列入世界地質公園名錄。2011正式被授予“國家5A級旅遊景區”稱號。