四代和九西奈為國家和鳴人犧牲。
在木葉五十六年，宇智波鼬被提升為黑暗部隊的副隊長。作為和木葉上層的溝通，他也成了雙面間諜。
內廣和他的家人準備發動政變，陰謀奪回木葉的權力。停水擋不住內廣的政變，也擋不住滅族的野心。他將自己剩余的遺產和遺囑委托給宇智波鼬。宇智波鼬進退兩難，最終選擇了接受躲藏的任務，殺死了所有的內博族。宇智波美琴和宇智波富嶽死了。臭鼬丟下佐助，獨自踏入蕭。
木葉60年:
春野櫻012601，山中井野012604，宇智波佐助012606，鳴人Uzumaki 012607，奈良鹿丸012611，小野喜久0126。
木葉61年:
忍的考核開始了，來自世界各地的忍者參加了比賽。大蛇丸給了佐助天堂之印。自來也開始教鳴人忍術。
由大蛇丸和沙隱創建的殷茵村對木葉發動了突然襲擊。沙隱戰爭的原因是風國之名雇傭了木葉忍者，導致沙忍者的補給不足。進攻失敗了，但是霍穎的三代人都死了。大蛇丸的手被封住了。
木葉63年:
鳴人回家。
我愛羅茵，受鳴人影響，繼承了第五代風影。
“小”和蠍子成功地獵殺了壹只。我愛羅就是因為這個，但是高知洋用轉生把他救活了。
自來也跳進余音村死了。
蕭開始獵殺其他的，成功獵殺1-7的。
猿飛阿斯瑪遭遇了“蕭”二人組和的死亡。之後，鹿丸復仇成功，鳴人殺死了所有的角。飛段被炸成碎片，埋葬在奈良家族的禁地。
長門摧毀木葉村。鳴人成功地練習了魔法，打敗了佩恩，並說服長門復活了死去的木葉忍者。
木葉64年:
宇智波鼬對宇智波佐助。佐助贏，臭鼬死。
宇智波佐助在帶土的挑釁下加入蕭，參加了八尾狩獵計劃，但狩獵失敗。
第六代霍穎“代理人”被佐助殺死。
第四代耐力世界大戰爆發。五大國組成忍者聯盟，對抗宇智波帶土的“月亮之眼”計劃。
鳴人通過赤拉比學會了忍術來控制九尾的力量。
藥師兜用霍穎二代開發的禁術召喚了歷史上著名的忍者，但最終被宇智波鼬解除。