第二，所有制結構不同。農村信用社是股東，股東人數多，股權分散，公司治理流於形式，股東權利不易體現；村鎮銀行是由境內外金融機構、境內非金融機構、企業法人和境內自然人出資在農村地區設立的銀行業金融機構。根據銀監會的規定，符合監管條件、管理規範、經營效益良好的商業銀行必須是主發起人銀行並控股，其他企業和自然人參股。
第三，品牌意識和風險管理水平不同。農村信用社歷史悠久，公眾認知度高，但歷史包袱沈重，風險管理水平有待提高；村鎮銀行是近五年左右新成立的。因為他們的主發起銀行都是運營高效、管理經驗成熟的商業銀行，會得到直接的業務指導、後臺支持、人員培訓等。，而且他們沒有歷史包袱，資產質量高，可以說是輕裝上陣。
第四，服務效率不同。由於歷史原因，農村信用社為了提高資產質量和控制風險，多為區級法人，但多數地方大幅增加了信貸審批權限，導致貸款審批效率低下；由於其公司治理規範，村鎮銀行股東能夠真正行使權力，促進其科學健康發展。