1644年，清軍滿清八旗大規模入關。雖然旗人離開了東北，但不允許漢人在東北居住，“北大荒”的歷史由此開始，延續了200多年。直到清末光緒年間，組織了四次大規模移民，充實邊疆，山東等地的漢人紛紛向東北湧到肇州。此後，肇州的民族以山東來的漢族移民為主，經濟由牧業轉向農耕，開始了開荒時期。內地的漢文化更多的是被帶到了肇州。
光緒三十二年，肇州同治堂成立，沈崇壽任首任知縣。民國二年，廳改縣。
1903年，穿越肇州境內的中東鐵路正式通車，肇州東部的地位日益重要。
1914年，民國政府在鐵路兩側劃出肇州轄區，設立肇東縣，面積約1700平方公裏。至此，肇州縣分為兩縣。
1931年，九壹八事變後，日本大規模侵略東北。1932，趙州淪陷。
1934年，趙州辦事處因水災遷至老街基。
1935年，偽沿江省還將嫩江、松花江沿岸及老縣城的駐地劃入郭爾羅首旗。
1946，肇州縣人民政府成立。1992，劃歸大慶市。