市环境科学研究院
围绕上海社会、经济发展、环境保护和城市建设的中心任务，开展严肃、应用性环境课题研究，为环境管理提供决策咨询和技术
上海市环境保护信息中心
负责市环境 保护局信息系统规划的编制；市环境保护信息系统的建设、维护和日常技术运行管理；负责市环境保护信息的技术管理和加工分析，向社会提供环境保护信息咨询服务。
< p>市环境监测中心参与制定全市环境监测计划；负责环境要素的常量
监管监测、污染源监督监测和污染事件调查；制定全市环境质量 报告书；开展环境监测技术研究；参加制定和修订环境标准和技术规定，负责全市环境监测质量保障工作；对各区、县环境监测站开展业务、技术指导并负责全市环境监测网业务上的组织协调
市环境监察总队
主要负责三查两调一收费即查污染源排放情况、查 环保的运行、查三同时执行情况；事故调查、群众调查；征收排污费。负责指导本市各区、县环境监察设施项目部门的环境业务工作。负责环保矛盾热线日常运行和管理。负责全市放射线日常运行和管理。 质量监测；负责渔业污染源和电磁辐射监督；建设项目中涉及渔业的本底监测调查和三级监测以及渔业许可证监测；收贮、消除水资源排放。
负责危险渔业经营 审核管理；负责危险废物排放联单管理；进口废物管理；对危险废物产生、处理排放的监督管理。
上海市环境保护宣传教育中心
宣传党 和国家制定环境保护方针、政策，提高群众环境意识，组织策划宣传环境教育活动，调动全社会力量防治环境污染，保护环境质量，协调环境教育学校。
环保上海市 事业发展中心
负责环保产业技术开发；污染源治理设施专业运行管理；组织开展建设项目环境影响评价书（表）编制工作。