1、學科設置：閩南科技大學設有工學、理學、管理學、文學、法學、經濟學、藝術學7個學科門類，開設了58個本科專業；閩南理工大學設有工、管、文、法、教育、藝術、體育8個學科門類，開設了59個本科專業，比閩南科技大學多。
2、師資力量：閩南科技大學現有教職工近2000人，專任教師約1200人，教授、副教授占比較高；閩南理工大學現有教職工近2200人，專任教師約1300人，教授、副教授占比較高’比閩南科技大學多。