凝膠電泳在固體支持介質（如瓊脂糖凝膠）中按大小分離DNA片段。將樣品 (DNA) 移液到樣品孔中，然後施加電流，使帶負電荷的 DNA 遷移（電泳）向陽極、正極 (+) 端。遷移率與大小成正比：較小的片段移動得更快，並在凝膠底部結束。
1.瓊脂糖凝膠電泳可以估計用限制性內切酶消化後 DNA 片段的大小，例如在克隆 DNA 的限制性作圖中。
2.對PCR 產物分析，例如分子遺傳學診斷或基因指紋圖譜。
3.瓊脂糖凝膠電泳通常用於解析具有不同超螺旋拓撲結構的環狀 DNA，以及解析因 DNA 合成而不同的片段。
4.除了為片段大小分析提供出色的介質外，瓊脂糖凝膠還可以純化 DNA 片段。