上世紀90年代以前，國際社會對中國擁有黃巖島主權從未提出任何異議，不存在對該島的主權之爭。
上世紀90年代以前，國際社會對中國擁有黃巖島主權從未提出任何異議，不存在對該島的主權之爭。
1992年以來，菲律賓前國家安全顧問戈勒斯聲稱黃巖島是菲律賓國土，挑起爭端。
從1993年起，菲律賓對該島進行勘測、考察和巡邏。1997年，菲律賓海軍毀壞了中國主權標誌；當壹艘載著中、美、日三國無線電愛好者的中國船只抵該島考察時，菲律賓竟在外交場合稱中國“企圖占領黃巖島”，還制定了作戰原則以維護其“主權”。1998年，菲律賓成立了包括艦艇部隊、航空分遣隊和情報部隊的專門機構。
1999年，菲軍艦多次驅趕、撞沈中國漁船。並特意將淘汰的軍艦“BRP Benquet ”擱淺在黃巖島（11月3日）上。中國要求菲律賓拖走。作為總理朱镕基正式訪問菲律賓的前提，12月5日“BRP Benquet”被拖離了黃巖島。2004年菲律賓又將其置於南沙中業島。
依據1898年的《巴黎協議》、1900年的《華盛頓協議》、1930年的《英美條約》，東經118°線為菲律賓領土的西部邊界，而黃巖島在此之外。1935年頒布的菲律賓《憲法》和1961年的菲律賓《領海基線法》中菲律賓政府均重申了這壹界線。
1990年代以前菲律賓出版的地圖也未將黃巖島列入其領土，國際社會（包括菲律賓）對中國擁有黃巖島主權從未提出任何異議。但當時黃巖島處於美國的控制之下。
2009年3月10日菲律賓總統阿羅約不顧中國的反對，正式簽署“領海基線法”，將中國的南沙部分島礁和黃巖島劃入菲領土。據菲媒體報道，菲總統府文官長埃爾米塔2009年3月11日宣布，盡管中國抗議並堅稱對南沙群島擁有主權，但阿羅約還是於前壹天簽署了第9522號***和國法案，即“菲律賓領海基線法”。他告訴媒體，“領海基線法”並未特別宣稱斯普拉特利群島(指南沙群島)和斯卡伯勒淺灘(指黃巖島)歸屬菲，因為菲對這兩個島嶼的主權主張“已經在現存法律中得到體現”，“不需要再在新簽署的法案中得到體現了”。
埃爾米塔聲稱，該法案的通過符合《聯合國海洋法公約》的規定，並且“新的法律並不是要擴張領土，只是要對領海基線進行技術上的調整”。
目前中菲兩國在島上都沒有永久設施或主權標誌。中國主權標誌於1997年被菲軍破壞。
截止到2008年，黃巖島地區還是被菲律賓海軍實際控制。旅遊潛水（1998）和業余無線電探險（1994，1995，1997 和2007）也是允許的，但會受到菲律賓海軍的監視。
菲方進犯
原因
菲方染指黃巖島的原因是多方面的。首先，黃巖島海域資源豐富。同南沙群島壹樣，黃巖島海域不僅是重要的海上通道，具有重要的戰略地位，而且水產資源十分豐富。這裏盛產經濟價值較高的金槍魚、紅魚、章魚、梅花參及各種貝類產品，特別是珊瑚種類繁多、經濟價值高。
其次，70年代以來，以菲律賓、越南為首的幾個東南亞國家先後宣稱對我國南沙群島的某些島嶼擁有部分或全部主權，有的派軍艦和飛機巡邏；有的甚至在島上構築工事，派兵駐守，擺出“先占為王”的架勢，使南沙局勢主權之爭不斷升溫，這壹“亂世”為菲當局霸占黃巖島提供了“有利”的外部環境。