農村汙水處理設備加藥系統堵塞的原因有二，壹是絮凝劑長期滯留，二是藥物質量問題引起堵塞。管線的堵塞會造成設備的加藥不利，嚴重的話整個加藥系統將被阻塞。如果不添加化學物質的情況下處理汙水，殘留的化學物質會留在管道中。隨著時間的推移，剩余的化學物質會形成凝膠狀的塊狀物，而這種絮凝物有很強附著力，會長時間粘在加藥線上，很難排除，進而導致堵塞。在每次劑量結束時，壹些藥物會留在罐中，不能完全排出。久而久之，加藥罐中的殘留藥物也形成了絮凝團，造成堆積。隨著絮凝質量增加到壹定高度，加藥罐出口和儲藥罐玻璃管液位計被堵塞，又引起液位計故障問題。
在加藥過程中，通過對儲藥罐和加藥泵之間的過濾網進行加密，可避免絮凝劑造成的堵塞。這樣做是因為壹旦儲藥罐中的藥品出現問題，可以通過先堵塞加密的過濾網，造成泵的異常運轉。在巡回檢查發現後，即停止繼續加藥。通過堵塞阻止在加藥泵的前端，這樣起到了對加藥泵進行保護的作用，解決了因堵塞造成的加藥泵維修，也防止了不合格藥物進行加藥罐堵塞整個加藥系統。
在汙水處理工程中，加藥是保證水質達標的必要手段。由於加藥系統並非每天都在運行，因此在其維修保養不易引起註意。而壹旦出現問題，很容易影響壹定時期的水質達標。因此，在日常工作中，要對加藥系統進行定期維護，使加藥系統在使用過程中不發生堵塞，保證水質達標。