我國有機食品的認證機構有國家環境保護總局有機食品發展中心，是目前國內有機食品綜合認證的權威機構。另壹家是中國農業科學院茶葉研究所，是目前茶葉行業認證的權威機構等。此外，也有壹些國外有機食品認證機構在我國發展有機食品的認證工作，如德國的BCS。有機食品的認證可按下列6個環節進行：
（1）提出申請，填寫申請表；（2）填寫調查表並提供有關材料；（3）認證機構審查材料並派遣檢查員實地審查（包括產品抽樣）；（4）檢查員將實地檢查報告報送頒證委員會；（5）頒證委員會根據綜合材料進行評審，評審結果為：同意頒證，轉換期頒證或有條件頒證，不能頒證。
（6）簽定標誌使用合同並頒證。
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