根據上述職責，自治區衛生廳設17個內設機構。
（壹）辦公室。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作以及安全保密、政務公開、來信來訪、衛生宣傳、新聞發布等工作。
（二）規劃財務處。
擬訂全區衛生事業發展總體規劃，統籌規劃全區衛生資源的配置；組織全區衛生項目的規劃和宏觀管理；管理大型醫用裝備配置；擬訂全區衛生財務、會計管理制度及財務管理辦法；提出醫療服務價格、藥品價格政策建議；負責衛生統計、內部審計工作。
（三）政策法規處。
起草地方性衛生法規、規章草案，組織協調衛生政策和衛生標準的研究及制（修）訂工作；承擔機關規範性文件的合法性審查；承擔有關行政復議和行政應訴工作；組織協調開展普法與依法治理工作；負責衛生法制培訓及宣傳教育工作。
（四）衛生應急辦公室（突發公***衛生事件應急指揮中心）。
擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度和措施；指導實施突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急工作；組織協調突發公***衛生事件應急處置，發布突發公***衛生事件應急處置信息；組織協調重大災害、恐怖事件、中毒事件及核事故、輻射事故等突發公***事件的緊急醫學救援並協調解決事件涉及的公***衛生相關問題。
（五）農村衛生管理處（自治區新型農村合作醫療管理辦公室）。
負責全區農村基本醫療衛生保健、新型農村合作醫療制度和農村衛生綜合管理工作；擬訂有關政策、規劃並組織、協調、指導實施；參與規劃指導全區農村衛生服務體系建設，指導農村衛生服務及鄉村醫生相關管理工作；監督指導全區農村衛生政策的落實。
（六）食品安全綜合協調與衛生監督處（行政審批辦公室）。
指導規範全區衛生行政執法；按照職責分工，負責職業衛生、環境衛生、學校衛生、公***場所衛生等監管工作；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場；組織查處重大衛生違法案件；負責食品安全綜合協調，組織食品安全重大事故的調查處置；制定廣西食品安全地方標準，開展食品安全監測、風險評估和預警工作；負責食品安全企業標準的備案，重大食品安全信息發布工作；牽頭負責行政審批工作。
（七）婦幼保健與社區衛生處。
擬訂婦幼衛生、社區衛生政策、規劃、規範並組織實施與管理；擬訂婦幼衛生技術標準；依法對婦幼保健和生殖健康專項技術、計劃生育技術服務實施監督管理；牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作。
（八）醫政處（醫療服務監管處）。
擬訂醫療機構、采供血機構、醫療技術應用、醫療質量、醫療安全和醫療服務管理等有關政策、規範、標準，並組織指導實施；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；建立醫療質量控制體系，並組織指導實施；指導醫療急救體系建設、醫院臨床重點專科建設、醫院感染控制、臨床藥學、臨床實驗室管理等有關工作；負責醫療機構醫療服務的監督管理工作；建立醫療機構醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務監督和評價等工作；建立健全以公益性為核心的公立醫院監督制度，推進公立醫院管理體制改革。
（九）疾病控制處（自治區愛國衛生運動委員會辦公室）。
貫徹執行國家疾病控制的法律法規和方針政策以及衛生部下達的工作指令；擬訂全區疾病控制規劃、國家免疫規劃工作方案和嚴重危害公眾健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，並定期督導檢查，防止和控制疾病的發生和疫情蔓延；發布全區法定報告傳染病疫情信息；承辦自治區愛國衛生運動委員會的具體工作。
（十）艾滋病綜合協調與宣傳幹預處。
負責起草艾滋病防治法規、規範性文件；組織協調自治區有關部門開展艾滋病防治宣傳幹預工作和社會救助工作；負責組織協調艾滋病防治相關資源的配置和實施工作；承辦自治區防治艾滋病工作委員會、自治區防治艾滋病攻堅工程領導小組的具體工作，指導各級防治艾滋病工作委員會辦公室的工作。
（十壹）艾滋病救治與規劃督導處。
組織擬定防治艾滋病中長期規劃和年度計劃以及相關技術規範。組織協調開展督查指導、評估考核工作；協調指導實施艾滋病預防幹預、病人救治等技術措施；協調管理各類艾滋病防治項目和科研項目；組織動員和管理社會組織及誌願者參與防治工作。
（十二）科技教育處。
組織制訂全區醫藥衛生科技發展規劃，組織實施重點醫藥衛生科研攻關項目；指導醫療衛生方面的技術推廣和科學普及工作；組織研究地方醫藥衛生技術標準；承擔全區醫藥衛生實驗室生物安全監督管理工作；組織指導全區衛生專業技術崗位培訓工作；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十三）國際合作處。
承擔組織指導衛生方面的政府與民間的多邊、雙邊合作交流和衛生援外有關工作；組織協調我區與世界衛生組織及其他國際組織在醫學衛生領域的交流與合作；承擔與港澳臺的衛生合作工作。
（十四）保健處。
擬訂並組織實施自治區保健事業發展規劃；承擔自治區黨委、自治區人民政府確定的保健對象及有關醫療照顧對象的醫療保健工作；承擔在桂召開的國際性、國家和自治區級重要會議、重大活動的醫療衛生保障工作；負責來桂中央領導、區外主要領導幹部、知名人士和重要外賓的醫療保健工作；負責組織安排幹部健康體檢工作。
（十五）中醫藥管理局。
貫徹執行國家中醫藥、中西醫結合、民族醫藥（統稱中醫藥民族醫藥）法律、法規和政策；擬訂並組織實施全區中醫藥民族醫藥事業發展的戰略、規劃、政策和相關標準，參與擬訂中藥民族藥產業促進政策；監督管理全區中醫民族醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等；規劃、指導和協調全區中醫民族醫機構的結構布局及改革；擬訂並監督執行全區中醫民族醫機構管理規範和專業技術人員準入標準；擬訂並組織實施全區中醫藥民族醫藥人才發展、科學研究和技術開發規劃；指導中藥民族藥資源的保護、開發和合理利用；組織開展中醫藥民族醫藥的發掘整理及文化的繼承發展，推動全區中醫藥民族醫藥防病治病知識普及；組織開展中醫藥民族醫藥國際交流合作。
（十六）藥物政策與基本藥物制度處。
組織實施、宣傳推廣國家基本藥物制度；擬訂藥械采購、配送、使用的政策措施，指導藥械集中采購管理工作。
（十七）人事處。
擬訂全區衛生人才發展規劃和政策並指導實施，會同有關方面擬訂全區各類衛生專業技術資格標準並組織實施；負責廳機關和直屬單位機構編制、人事管理工作；組織指導衛生管理幹部崗位培訓工作。
機關黨委 負責機關和駐邕直屬單位的黨群工作。
離退休人員工作處 負責機關離退休人員工作，指導直屬單位的離退休人員工作。