miRNA可以设计环路引物反丙酮，用催化剂法或者染料法检测。这个引物设计都是固定格式的
miRNA引物设计（环路催化剂法染料法检测）
设计方法：通用茎环加miRNA后面6个碱基的逆向互补序列为反校正引物，正向引物为miRNA去除后面6个碱基的序列，逆向引物在茎
反会计茎环通用序列：
GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGAC
miRNA 序列：
gt；mmu-miR-99b -5p MIMAT0000132 Mus musculus miR-99b-5p
CACCCGUAGAACCGACCUUGCG
mmu-miR-99b-5p反转录颈环引物为：
GTCGTATCCAGTGCGTGTCGTGGAGTCGGCAATTGCACTGGATACGACCGCAAG
定量PCR逆向引物为：TGTCGTGGAGTCGGC
正向引物为：CACCCGTAGAACCGAC
备注：
1定量PCR逆向引物和正向引物的TM值不要前面物突出，反向引物TM已经确定，如果正向引物TM较低，则在5`端添加几个碱基（如：G）。
2染料法的检测可能会出现引物二聚体和非阑尾，可以使用亮点法检测，亮点法和染料法相似，只是茎环上不仅有一个反向引物结合位点，还有一个亮点结合位点位点。