多聚甲醛固定細胞主要是單體甲醛在起作用，甲醛有效固定作用的要點是，在蛋白質末端基團之間形成交聯鏈。參與甲醛固定蛋白質的基團，主要為氨基，亞氨基及酰氨基，肽，胍基，羥基，SH和芳香環。
多聚甲醛固定微生物使用10%甲醛固定液，減少固定液pH的變化，固定後充分水洗以減少分子間交聯，切片在作免疫組化染色前，先經預處理使抗原再現(抗原修復)。