1、行政級別不同：南沙區是廣州市下屬的壹個行政區，是廣州市下轄的10個區之壹；南沙新區則是廣東省政府設立的國家級新區，屬於廣州市管轄範圍。
2、功能定位不同：南沙區是行政區域；南沙新區的定位是粵港澳全面合作示範區，希望投資者積極參與廣州南沙新區航運物流、裝備制造、科技智慧、商業服務和旅遊健康領域的投資合作。