主要区别是，性质不同、特性不同、应用不同，具体如下：
一、性质不同
1、低聚异麦芽糖
低聚异麦芽糖，又称为异麦芽低酶、异麦芽寡糖、分枝低酵母等，是淀粉糖的一种，主要成分为按键分子间以α-1，6糖核苷酸键结合的 异麦芽糖、潘糖、异麦芽三糖及四糖以上的低聚糖。
2、低聚果糖
低聚果糖变更寡果糖或蔗糖三糖族 低糖，所得蔗糖为原料，通过现代生物工程技术—果糖基转移酶转化、精制而成。蔗糖分子以β-（1→2）糖苷键与1-3个果糖分子结合而成的蔗糖 三糖，蔗糖四糖和蔗糖果五糖，属于果糖和构成的直链杂低糖。
二、特点不同
1、低聚异麦芽糖
低聚异麦芽糖非消化低聚糖类，具有溶解膳食纤维功能。由于低聚糖不属于人体消化消化，故又称低分子质量、非粘性、水溶胶 性膳食纤维。但功能性低体重不具有膳食纤维增稠、水和、饱腹作用。
2、低聚果糖
低聚果糖拥有保健功能目的 和食品成分优良的双重品格。?促进低热值、无补牙、促进双歧杆菌、降血压、改善血清、促进微量元素吸收等优良的生理功能。低聚果糖被国际营养学者确认为“ 具有优良难消化性的溶解膳食纤维”，可以调节人体微生态平衡。
三、应用不同
1、低聚异麦芽糖
低聚异麦芽糖具有许多优良的性质和保健生理功能，适合代替部分蔗糖，添加到各种饮料、食品中。
2、低聚果糖
补充 乳酸菌饮料、固体饮料、糖果糕饼、饼干、面包、果冻、冷饮、汤料、谷物等多种食品中。低聚果糖的添加，不仅提高了食品的营养和保健价值，同时还能有效延长冰淇淋的寿命 、酸奶、果酱等多种食品的保质期。
百度百科-低聚异麦芽糖
百度百科-低聚果糖