蒙卡篇（動畫：1話－3話）
蒙奇·D·路飛童年時受到海賊紅發香克斯的啟蒙，自小就立誌要成為“海賊王”。十年後，年僅17歲的他，戴著紅發香克斯托付的草帽，只身從故鄉風車村出發。途中他遇到在“亞爾麗塔海賊團”打雜的少年克比，在打倒海賊團的船長“鐵棒”亞爾麗塔後，路飛得知東海有個外號“海賊獵人”的劍士羅羅諾亞·佐羅，並想要拉攏他成為夥伴，遂與克比兩人來到被海軍上校“斧手”蒙卡統治的謝爾茲鎮。由於佐羅曾在鎮上砍殺了蒙卡上校的兒子赫魯梅伯所飼養的狼犬，在被拘捕後即將被處死。佐羅被路飛的氣勢折服，並合力打倒蒙卡上校。佐羅正式成為了路飛的第壹個夥伴，而克比在路飛的幫助下也如願成為了海軍。
巴奇篇（動畫：4-8話）
索隆成為路飛的第壹個夥伴，他們來到海賊巴奇控制的城鎮，在那裏遇見痛恨海賊的小偷娜美。
克洛篇（動畫：9-18話）
娜美作為他們的航海士與他們兩人合作（不過她強調不是他們的夥伴），他們來到壹座島並尋找可以使用的船，在那裏他們遇到騙人布。然而他們卻發現騙人布的朋友可雅的管家古拉哈諾（克洛船長）欲殺害可雅，路飛等打敗了克洛後，可雅將黃金梅利號贈予他們。
第二季 東海故事
克利克篇（動畫：19-30話）
狙擊手騙人布成為路飛的夥伴，壹行人來到海上餐廳 巴拉蒂，希望能找壹個廚師夥伴。但是餐廳卻受到克利克的攻擊，原來克利克從偉大航道回來後，船已破損不堪使用，他想要奪取巴拉蒂，再度返回偉大航道。
惡龍篇（動畫：31-45話）
來自巴拉蒂的廚師黑腳 香吉士加入的草帽海賊團，但是娜美卻偷了他們的船，他們尾隨娜美，來到魚人海賊惡龍所控制的島嶼。娜美坦承她是惡龍海賊團的壹員，並且幫助路飛他們只是為了偷取黃金。但實際上，娜美是為了從惡龍手上買下她的村子而忍辱在惡龍底下工作。後來，路飛打倒惡龍後，航海士娜美加入了草帽海賊團。
羅格鎮篇（動畫：48話－53話）
路飛壹夥人到達了羅格鎮，這是進入偉大航道之前必經的地方，也是‘海賊王’哥爾·D·羅傑的故鄉和後來被公開處刑的所在，因此這裏又被稱為“開始與結束的城鎮”。在羅格鎮，他們同時受到管轄這裏的海軍上校‘白獵人’斯摩格和其他許多敵人的夾擊，路飛在奔走過程中撞見了海賊王被處死的高臺，興奮的爬上高臺眺望遠方，卻不小心被小醜巴奇給擒住。巴奇手上的刀即將招呼到頸間的那壹瞬，路飛笑著對草帽海賊團團員說：“對不起，我要死了！”，此情景令斯摩格回想起二十年前海賊王的處刑（死前能夠沒有遺憾的笑，這樣的人並不多）。
也許是身處高處的緣故，巴奇的刀湊巧引來了閃電劈向高臺，身為橡膠人的路飛因為身體不導電而得救了，巴奇則是暫時昏迷。返回船上的路上，路飛在鎮上的入口處壹度被斯摩格抓住，卻又受到父親‘革命家’蒙奇·D·多拉格的幫助而得以脫身（當時路飛並不知情）。離開羅格鎮後，壹夥人在偉大航道的入口——顛倒山之前以各自的夢想立誓，跨越顛倒山之後進入了偉大航道，展開下壹段冒險。
第二季 偉大航路之阿拉巴斯坦事件
顛倒山篇（動畫：62－63話）
草帽海賊團壹行人來到偉大航道 雙子岬，在那裏遇到壹只等待留下它去了偉大航道的夥伴50年的‘島嶼鯨’拉布，還有壹位是曾在‘海賊王’羅傑船上當過三年船醫的可樂克斯（不過當時壹行人並不知道可樂克斯曾在海賊王船上待過，現在的可樂克斯是雙子岬燈塔看守員），還遇見神秘的二人組‘Mr.9’和‘Miss星期三’想取得拉布的肉當糧食，所幸及時被路飛阻止，本想逃跑的兩人卻不慎遺失了紀錄指針而無法回到他們的基地，之後兩人便請求剛得到新紀錄指針的草帽海賊團搭船載他們回去。
威士忌山峰篇（動畫：64－67話）
在‘Mr.9’和‘Miss星期三’的帶領下，草帽壹行人來到威士忌山峰，在那裏市民舉行派對歡迎他們的到來。後來得悉威士忌山峰是秘密犯罪組織·巴洛克華克的地盤，在‘Mr.5’和‘Miss情人節’的追捕下發現‘Miss星期三’和‘Mr.8’的真實身份其實是阿拉巴斯坦王國公主 娜菲魯塔利·薇薇和阿拉巴斯坦護衛隊隊長 伊卡萊姆，從公主口中得知阿拉巴斯坦正處於水深火熱之中，以及王下七武海‘Mr.0’沙·克洛克達爾的陰謀後，因此決定幫助這位公主（起初看在10億貝裏的份上，只是答應護送）。
後伊卡萊姆變裝成薇薇的樣子並帶著前往阿拉巴斯坦的永久指針，設法假冒草帽海賊團直接回國，讓壹行人平安離開威士忌山峰，卻仍被巴洛克華克派來的‘Miss all Sunday’妮可·羅賓給識破，但Miss all Sunday沒有接到任何要殺死薇薇的指令，並只將前往阿拉巴斯坦的永久指針交給草帽海賊團後就離開了，而路飛因不信任Miss all Sunday而將永久指針破壞，並依循原持有的記錄指針往小花園前進。
小花園篇（動畫：70－77話）
路飛壹行人來到小花園，那裏是壹個仍然保存著史前時代景觀的巨大島嶼。但在那裏有著比恐龍更加恐怖的東西，那就是已經在島上決鬥超過100年的兩位巨人‘青鬼’東利和‘赤鬼’布洛基。
眾人更在此遇上了巴洛克華克的高級特務 ‘Mr.3’和‘Miss黃金周’。
‘Mr.5’和‘Miss情人節’也為了追殺草帽等人從威士忌山峰來到小花園與‘Mr.3’搭檔會合，草帽海賊團成功擊敗他們。 而什麽事都不知道的山智在狩獵比賽後發現大家都沒回到船上，在找人的途中他來到Mr.3的蠟燭小屋，透過Mr.3的電話蟲意外與‘Mr.0’通電話，順便打敗了巴洛克華克底下的“不吉利二人組”，並且從他們身上取得前往阿拉巴斯坦的永久指針。
壹行人會合後兩位巨人並以最強的絕招“霸國”在食島怪身上開了個大洞，護送他們離開。
第二季 偉大航路之阿拉巴斯坦事件
磁鼓王國篇（動畫：78－91話／劇場版9）
由於奈美得到壹種不知名的病（其實是被在小花園的蚊蟲叮咬），使得全員必須前往有醫生的島嶼尋找醫生，但在此時，他們又從三天前的報道中得知阿拉巴斯坦的內亂越來越嚴重，身為壹國公主的薇薇擔憂著國內壹百萬名國民的性命，因此希望在治好奈美的病後讓船以最快的速度航向阿拉巴斯坦。
於是壹行人來到了有“醫療大國”之稱的磁鼓島，不巧的是磁鼓島因為先前統治者的關系，使得島上只剩下壹個醫生，那就是住在山上城堡裏的‘魔女’Dr.古蕾娃，路飛和山智背著重病的奈美為此踏上征山之途，途中受到壹大群“食肉兔”和“雪崩”的影響，山智為了掩護路飛而受重傷，路飛帶著兩人徒手爬上Dr.古蕾娃所在的磁鼓山，但由於穿著單薄導致嚴重凍傷暈倒，三人壹起接受了Dr.古蕾娃的治療，並在此遇見了她的助手，壹只藍鼻子的馴鹿多尼多尼·喬巴。
路飛想拉攏喬巴成為自己的夥伴，但喬巴因為過去的心靈創傷而不願與人類接觸，與此同時，前統治者 海賊團船長‘白鐵’瓦波爾剛好回到磁鼓島來搶回他的國家。
在經歷與瓦波爾的戰鬥後，喬巴決定和路飛等人出海，喬巴以船醫身份加入草帽海賊團。
阿拉巴斯坦篇（動畫：92－130話／劇場版8）
壹行人和公主薇薇來到了阿拉巴斯坦，原先打算至叛亂軍基地猶巴直接勸阻叛亂軍首領 寇沙，抵達時卻發現叛亂軍已經離開。
在路飛的決定下前往克洛克達爾的所在地雨地，得知其奪取國家的計劃理想國後，便趕回首都阿爾巴那。 在他們抵達阿爾巴那時，內戰已經開始了，壹行人為了使薇薇到達皇宮與巴洛克華克展開激戰。
路飛先後被克洛克達爾打敗了兩次，最後於遺跡裏成功打敗他，其他成員亦擊敗巴洛克華克的壹眾高級特務。而最後的壹場雨使得薇薇得以向大家說明‘Mr.0’克洛克達爾的陰謀，內戰亦隨之結束。 其後薇薇和跑得快向路飛等人道別，就算脫離了海賊團但仍是夥伴之壹。
原·巴洛克華克副社長妮可·羅賓，在解了路飛的毒後，因失去人生目標想尋死卻被路飛所救，無處可去而被路飛收留，以考古學家的身份加入了草帽海賊團。
第二季 偉大航路之SKY PIEA篇
加亞篇（動畫：144－152話）
離開阿拉巴斯坦王國之後，想要前往下壹個島的草帽壹夥意外發現壹艘從天而降的大船。 詭異的是，紀錄指針竟然向上指向天空。
路飛也在大船上找到壹張“空島”的地圖，先前沒有預料到會有如此狀況的壹夥人來到了加亞島，路飛、佐羅、奈美三人前往島西“魔谷鎮”鎮上的酒吧，想要打聽有關“空島”的線索，但遭到“鬣狗”貝拉密及其海賊團壹夥人嘲弄。
貝拉密等人對路飛拳打腳踢，甚至譏笑所謂的“空島”只不過是白日夢而已，但路飛對佐羅說“這場架打不得”，以毫不還手詮釋了他對夢想的堅信不疑。
在酒吧外的“黑胡子”馬歇爾·D·汀奇後來跟奈美解釋：“這場勝負是妳的夥伴贏了”，接著透過羅賓從魔谷鎮得來的情報得知，加亞島有個被居民逐出魔谷鎮的怪老頭庫力凱，他似乎知道到達空島的方法。
從島西的城鎮離開後，他們來到加亞島東部的海岬，遇到了四百年前被稱為騙子的蒙布朗·諾蘭德的子孫－猿山聯合軍船長 蒙布朗·庫力凱，得知了上升海流下次的爆發地點在加亞島南方後，全員前往森林想要捕捉壹只名叫指南鳥的生物幫忙指引方向，回來後卻發現庫力凱的黃金遭到先前發生沖突的貝拉密強奪。
雖然離出航時間只剩三小時，路飛還是冒著可能趕不上上升海流的風險，壹個人跑到魔谷鎮，壹拳擊倒了貝拉密並且搶回黃金。 之後壹行人前往上升海流的預定爆發地點，出發前往空島。
路飛壹行人離開魔谷鎮後，“王下七武海”之壹的唐吉訶德·多佛朗明哥現身，操控貝拉密壹夥人當中的“大匕首”薩奇斯，將身為手下卻失職而玷汙了自己名譽的貝拉密殺死。
第二季 偉大航路之空島篇（153-195）
空島篇（動畫：153－195話）
乘著上升海流，壹行人來到了海拔壹萬米高空的“白海”。 他們發現空島並不只是原本他們想像的黃金鄉而已。 大夥原本冀望能夠在空島享受不用擔心海軍的愉快時光，卻莫名其妙被冠上了“非法入國”的罪名，被迫接受“神之島”阿帕亞多上四神官們的“試煉”考驗。
在試煉的過程當中，眾人根據分頭探索的經驗得出了結論：四百年前，諾蘭德口中的黃金鄉並不是沈沒到海底，而是因為上升海流的關系使原本的加亞島壹分為二，壹半到了這“白白海”上—— 也就是說，這神之島就是原本的加亞，而那只有壹半的房屋更是支持這個推論的鐵證。
前任的神“天空騎士”甘·福爾則是因為從壹夥人得知了阿帕亞多的來由，明白了島上天使們和香狄亞人四百年的戰亂的來龍去脈。 另壹方面，擁有自然系“轟雷果實”能力的“神”艾涅爾，在神之島設計了壹場81人的生存淘汰賽，並且預言能存活下來的只有5個人。
草帽壹夥在黃金前夜祭後，決定分成2組行動：由奈美、撒謊布、山智三人駕駛前進梅利號找尋可以離開空島的的出口；路飛、羅賓、佐羅、喬巴四人則組成“黃金探險隊”在找到黃金後和其他人會合，但卻因為被突然出現的大蛇攻擊而分散，開始了各自的冒險和戰鬥。
經歷與其余74名參賽者的激戰，三小時後，羅賓、佐羅、奈美、福奇，以及香狄亞戰士瓦夷帕等五位參賽者出現在艾涅爾面前，艾涅爾為了讓自己的預言準確，親手剔除了第六名參賽者甘·福爾，同時也娓娓道出自己的目的。
其實他真正的計劃是打造壹艘大型飛船方舟“箴言”，並帶著來自古早香狄亞人打造的巨大黃金鐘樓前往“無限大地”，同時將空島打回青海，參賽者們得知後紛紛站出來反抗艾涅爾，卻都敗在那無敵的雷能力之下。唯壹幸存的奈美為了保命，假借自願跟隨艾涅爾前往“無限大地”，壹方面找尋逃生的機會，原以為計劃完美無缺的艾涅爾卻漏算了被大蛇吞下肚的路飛。
不久路飛逃出大蛇身體，看到夥伴們的慘狀氣憤不已，當下沖向艾涅爾停靠方舟的地方，巧合的是由於空島沒有“橡膠”，路飛不導電的橡膠體質反成了艾涅爾最棘手的天敵，兩人糾纏了好幾回，艾涅爾最終仍被擊敗。
路飛也敲響了巨大的黃金鐘，讓天空的住民們聽到四百年前的“島的歌聲”重現，終於解開了兩族的心結，也終止了長達四百年的戰爭。 同時，因為羅賓解讀了歷史本文的文字，明白了原本香狄亞人守護歷史的任務已經該交給對歷史有所認知的自己，香狄亞人的歷史包袱也就能夠放下。
第二季 偉大航路之突破海軍要塞（196-206）
突破海軍要塞（動畫：153－195話）
飛也似地逃離空島的路飛壹行人，讓空島的人們沒有機會向他們說聲謝謝及再見，不過在響徹雲霄的鐘聲中，以及柯妮絲釋放的章魚熱氣球讓他們順利離開了空島，但是快降落時卻又發生了意外，由於章魚突然縮小讓他們摔到了莫名的地方…… 在柯妮絲的幫忙下，路飛他們總算是平安降落了但是降落的地點卻很不妙，因為竟然是他們海賊團的死對頭海軍要塞，不過路飛等船上的船員卻都沒有在船上，讓這個要塞的司令官以及其它官兵都覺得匪疑所思，甚至懷疑這是幽靈船……
路飛壹行人分散之後，各自在這個叫做拿巴隆的要塞中尋找出路，沒想到香吉士與路飛誤打誤撞被當成新人的大廚師叫進了海軍廚房，並且緊接著與海軍廚師展開了壹場戰鬥，不過以香吉士的技術當然是讓人嘆為觀止……
各自分散的路飛等人，娜美將自己喬裝成打掃人員，路飛和香吉士則是假裝成廚師混在大食堂中只有獨自壹人的索隆被抓住了，另壹個落單的喬巴也在千鈞壹發之際被送到了醫務室，就這樣陰錯陽差之下喬巴為受傷的海軍動手術。
與路飛他們分散後，騙人布原本和妮可羅賓壹起行動，後來因為騙人布心急地想先找到黃金梅利號受不了羅賓壹直在調查拿巴隆要塞的事，壹個人跑到整備隊的船塢，卻因此被德雷克少校抓到，原本打算偽裝成特別監察官的他，偏偏碰上了已經偽裝成特別監察官的羅賓……由於羅賓的計謀讓騙人布也被抓走了牢裏，因為她認為騙人布和索隆在壹起比較安全，另壹方面路飛和香吉士則是朝向最有可能的地方，壹心想要救出被抓到的兩人，沒想到這卻又是強納森司令官設下的陷阱，幸好有騙人布的沖擊貝才能爆破監獄救出了騙人布與索隆。
路飛與香吉士救出了索隆和騙人布之後，立刻要趕往黃金梅利號停泊的第88號船塢，而海軍方面在強納森司令官的安排下，先由德雷克到第88號船塢埋伏，並且派出第55特種部隊來對付路飛他們爭取時間。路飛果然在停靠黃金梅利號的船塢遭遇到強敵，幸好柯芭特醫生幫喬巴他們想出了妙計，由她和娜美假裝成人質，逼迫德雷克少校讓他們上船並且離開，不過最後海軍識破了娜美也是海賊團成員之壹，連雪帕特中校都是羅賓偽裝的。路飛他們好不容易到達了沖出外海的海門，卻因為他們在空島拿的黃金全部都不見了，讓娜美堅持要回海軍要塞搶回黃金，因為現在他們最重要的就是要花壹大筆錢修理黃金梅利號，這是他們對壹直載著他們趁風破浪的黃金梅利號，應該盡的壹份心力。
再次回到海軍要塞的路飛等人，在騙人布的安排下兵分兩組行動，首先是路飛，騙人布，索隆及羅賓為奪回黃金小隊，而娜美和香吉士則是回收威霸小隊，結果又只剩下喬巴壹個看守黃金梅利號。不過強納森司令官也不是省油的燈，早就擬好作戰計劃等他們來……
兵分兩路的路飛等人，娜美與香吉士很快就順利找到了威霸，但是路飛他們好不容易找到保險庫卻發現裏面空無壹物，在整備隊的梅卡歐大叔的暗示下，娜美猜到了強納森司令官壹定是把黃金放在最明顯的地方，那就是司令官辦公室。原來以為已經成功奪回黃金的路飛等人，卻在要逃出拿巴隆要塞時遭遇到空前的危機，由於這個要塞天然的屏障與地形，在退潮時任何船只都無法通過，讓黃金梅利號也被困在淺灘上無法動彈。幸好路飛他們想到，利用沖擊貝與章魚再次升上天空……別了海軍要塞！
第二季 偉大航路之司法島事件
長環島篇（動畫：207－228話）
結束空島的冒險後，草帽壹夥在海上遇到壹艘既沒有帆也沒有旗幟的海賊船，還因為少了指揮壹切的船長和航海士讓船員變的沒有組織性，整艘船並在壹行人面前遭到海猴子引起的巨浪吞噬。
接著他們來到了長環島，遇到狡猾的海賊團船長“銀狐”弗克西，擁有“遲緩果實”能力的弗克西向路飛挑戰“Davy Back Fight”比賽，勝利者可以從敗方選擇得到壹名成員或選擇標誌（被奪走標誌後不得再掛上該標誌，以及被奪走的同伴、標誌等，都必須在由“Davy Back Fight”奪回）。
草帽海賊團與弗克西海賊團比了兩場，分別為“環形賽船”及“火爆鬥球”，在壹勝壹敗的情況下進入第三場也就是最後壹場的比賽，第三場是“雙方船長壹對壹決鬥”，弗克西的遲緩能力壹度讓路飛居於劣勢，最後因為想要守護所有夥伴的心意以及爆炸頭的野性力量爆發讓他戰勝了弗克西。
事情結束後，他們又遇上了海軍本部上將“青雉”，而他的目的，就是要殲滅曾經從他手中逃走的羅賓。 為了保護羅賓，壹行人和這個可怕的強敵戰鬥，敗得壹塌糊塗，最後卻被放過壹馬。 遭到青雉“冷冷果實”能力攻擊導致全身被冰凍的羅賓和路飛，則在團員們的合力搶救下撿回壹命。
水之七島前篇（動畫：229－241話）
草帽壹行人在羅賓和路飛痊愈後，為了尋找船匠夥伴和修理前進梅利號而來到以造船出名的水之七島，但本來與喬巴在鎮上逛街的羅賓卻突然失蹤了。 路飛、奈美和撒謊布前往卡雷拉公司，前進梅利號在經船匠檢查過後，發現支撐船體最重要的“龍骨”已經嚴重受損，如果維持這樣的狀態航行，到下壹座島的機率將會是“0”。
此時他們所換得的2億貝裏遭卡雷拉公司的死對頭－ 解體商弗蘭奇家族搶走，提著2億貝裏的撒謊布，為了奪回2億貝裏也被他們打成重傷。 路飛、佐羅、山智、喬巴前往弗蘭奇之基地報仇，但家族首領弗蘭奇卻已經帶著兩億貝裏前往黑市。 四人痛扁弗蘭奇的小弟們，並且毀了弗蘭奇家族。路飛以船長的立場決定更換壹艘新船，撒謊布對這突如其來的決定感到相當震怒，與路飛決鬥，最後戰敗然後離開了草帽壹夥。
水都市長 艾斯巴古遭到襲擊，而攻擊艾斯巴古的人似乎就是羅賓，草帽海賊團成了水之七都島民和船匠追殺的對象，弗蘭奇也因為自己的家被路飛破壞、小弟被打傷壹事，想找草帽海賊團算帳，羅賓則在事發後的第二天出現在要找她的山智和喬巴面前，發出了要退出草帽海賊團的宣言，路飛等人為了從羅賓口中問出想退出海賊團的原因，決定當晚上潛入艾斯巴古宅邸。
第二季 偉大航路之羅賓爭奪戰篇
羅賓爭奪戰篇（動畫：242－262話）
草帽壹夥進到艾斯巴古的宅邸，發現幕後驅使羅賓的主謀竟是世界政府直屬秘密間諜機關“CIPHER POL NO.9”，但因為他們超人般的力量“六式”使眾人很快就吞下敗仗。
CP9逼問艾斯巴古古代兵器“冥王”設計圖的去向，並以假設手法得知應該在弗蘭奇那兒，剛好撒謊布也在弗蘭奇那裏，兩個人就跟羅賓壹起被抓上海上列車“冒煙湯姆”。
奈美也從艾斯巴古口中得知了壹件驚人的真相，原來羅賓之所以背叛草帽壹夥，是為了讓他們平安離開水之七島；打從心裏將草帽壹夥視為重要夥伴的羅賓，打算犧牲自己的性命以保護夥伴們免於受世界政府“非常召集”攻擊。於是，草帽海賊團、弗蘭奇家族與卡雷拉公司等人決定要去救回犧牲自己的羅賓和被抓走的弗蘭奇，而和眾人暫時分開行動的山智則潛入了海上列車，解放了撒謊布和弗蘭奇，與各“CP”進行激烈的爭奪戰。
弗蘭奇為了讓山智他們順利把羅賓帶回去而犧牲自己讓CP9給抓回去，但羅賓卻仍選擇了離開眾人，和CP9壹起到司法之島“艾尼愛斯大廳”。
第二季 偉大航路之司法島篇
司法之島篇（動畫：263－312話）
壹行人來到了世界政府轄下的司法之島“艾尼愛斯大廳”，弗蘭奇安排讓妮可·羅賓與路飛見面，但羅賓仍不願意回到夥伴身邊，還告訴路飛自己已經不想活了。
羅賓揭露出世界政府的陰謀及以往的所作所為，害她家破人亡，甚至被逼的走投無路而想尋死。 得知羅賓痛苦的草帽海賊團當著司法島所有人面前，燒毀了代表世界政府的旗幟（向全世界宣戰），此舉讓羅賓當場放聲痛哭，並且大喊出了壓抑在心中許久的心願-“想要活下去”。
弗蘭奇拿出冥王設計圖 並當著眾人的面前直接燒毀 此行惹怒斯潘達姆而被壹腳踢下司法之塔 後來海上列車“火箭人”沖進司法之塔之時成功救回弗蘭奇，但卻沒有救回羅賓。
CP9長官斯潘達姆將鎖住羅賓的“海樓石手銬”鑰匙交到五名CP9手中；但當中只有壹條是真的，借機拖延路飛他們救走羅賓的時間，但斯潘達姆卻在押解途中不小心按下了黃金電話蟲的按鈕 發動了(非常召集)。 壹行人為了搶到正確的鑰匙而與CP9展開激戰，最終擊敗了所有CP9並成功解放羅賓；其中，“歷史上最強的CP9”羅布·路基也被路飛擊敗，八百年來傳頌的CP9不敗神話也被破滅了。
然而，由於路飛受到路基的“六王槍”所傷而無法動彈，而搶來的逃脫船又被炸毀，欲逃出司法之島的眾人被海軍戰艦重重包圍，陷入困境；就在絕望之際，草帽壹夥重要的夥伴前進梅利號適時出現並拯救了所有人，雖然海軍戰艦集中炮火攻擊前進梅利號，卻因山智關閉“正義之門”產生的渦流而受困，草帽壹夥順利逃出了艾尼愛斯大廳。本戰亦是海軍有史以來最大的完敗。
第二季 偉大航路水之七島後篇
七島後篇（動畫：313－325話）
司法之島篇結束後，前進梅利號突然斷成兩截，前來接送的艾斯巴古告訴路飛壹行人，這是他為了達成前進梅利號的心願而做了臨時補強，現在則是該道別的時候。
壹行人揮淚火葬前進梅利號後，回到水之七島。弗蘭奇表示希望用當初搶來的兩億貝裏替路飛他們造壹艘新船。 在等待新船完成的期間，新的報道與懸賞單也隨之發布下來，“司法之島”的轟烈事跡使全船人都遭到懸賞－“草帽”蒙奇·D·路飛3億貝裏、“海賊獵人”羅羅諾亞·佐羅1億2千萬貝裏、“女竊賊”奈美1千6百萬貝裏、“狙擊王”3千萬貝裏、“黑腳”山智7千7百萬貝裏、“超愛棉花糖”多尼多尼·喬巴50貝裏、“惡魔之子”妮可·羅賓8千萬貝裏；而“鐵人”弗蘭奇亦被懸賞4千4百萬貝裏。
與在此時，路飛壹行人商討撒謊布事後欲歸隊的問題；由於撒謊布當初的意氣用事讓路飛差點下不了臺，因此在佐羅的提案下大夥都同意要等撒謊布誠心道歉後，才讓他重新加入，否則將把他扔在水之七島。及後，弗蘭奇幫草帽壹夥造好了新船“千裏陽光號”，而他本人亦以船匠身份也正式加入；同時，羅賓亦打開了幼年的心結，成為草帽壹夥真正的夥伴。在撒謊布誠心道歉後，重新回到草帽海賊團，全員再度整裝出發．
原來，在此前幾天，白胡子海賊團的第二隊隊長“火拳”波特卡斯·D·艾斯與“黑胡子”馬歇爾·D·汀奇在巴納洛島上發生了激戰，此戰勝負成了日後某件“大事件”的導火線。
第二季 偉大航路大事件篇
恐怖三桅帆船篇（動畫：337－381話）
草帽海賊團撿到壹個祭祀海神的酒桶，打開後裏面竟沖出詭異的紅色閃光，接著千裏陽光號因暴風雨而航行到魔幻三角地帶，在那裏遇見吃了黃泉果實的神秘骷髏人布魯克，就在他們和布魯克對話時，船漸漸駛向世界最大海賊船“恐怖三桅帆船” ，從以前就想要個音樂家的路飛邀請布魯克成為同伴，但由於失去“影子”的布魯克不能照射到陽光，因此拒絕了路飛的入團邀請，並壹個人跑到島上。
因為奈美、撒謊布和喬巴在島上迷路，好奇心作祟的路飛不顧布魯克要他們離開此地的勸告，硬是和夥伴們闖進去探險，然而居住在恐怖三桅帆船裏的竟然是王下七武海 月光·摩利亞。
摩利亞為影子果實能力者，並且搶走敵人的影子建立僵屍軍團，草帽海賊團成員陸續被他抓住並且剝走了影子，落單的羅賓和弗蘭奇在即將被僵屍軍團抓住之際得到布魯克的幫助，經被僵屍稱為“劍俠鼻唄”的布魯克的解說，從而得知恐怖三桅帆船的秘密與僵屍的弱點，兩人帶著布魯克給他們的“鹽”成功救出撒謊布和喬巴，並且回到千裏陽光號上喚醒了被奪走影子的路飛等人，但奈美還被困在島上，得知布魯克和在雙子岬遇到的“島嶼鯨”拉布有壹段約定，路飛壹行人為了搶回食物、奈美和大家的影子再次闖入摩利亞的宅邸。
路飛想只身去找摩利亞要回影子，其他人則與服侍摩利亞的三怪人和僵屍大軍展開了艱辛的戰鬥。
最後，他們面對的最強敵人，是裝有路飛影子的特別僵屍“魔人”歐斯，歐斯擁有與路飛同等的破壞力，卻也因路飛的白癡性格而數度被草帽壹夥耍得團團轉。
後來，摩利亞在甩掉路飛後加入戰局，使歐斯成為“力量”加“頭腦”的兇惡怪物，草帽壹夥面臨全軍覆沒的危機，所幸身上塞了壹百人份影子的“噩夢·路飛”及時出現，加上同伴們的齊心合力，最終仍將摩利亞和歐斯逼到絕境打敗了他們。
然而，事情並未就此結束，王下七武海“暴君”巴索羅繆·大熊聽從世界政府的指令，要抹殺所有目睹摩利亞被擊敗的人；面對大熊強大的力量，加上體力耗盡，全部人均無能為力並處於劣勢，幾乎被沖擊暈倒，僅剩下佐羅尚能勉強戰鬥。
為了捍衛路飛的夢想，佐羅願意犧牲自己的生命以換取路飛頭顱，面對如此友情熊也只得網開壹面，只將路飛所有的痛苦和疲勞轉到佐羅身上便放過他們壹馬。 事情結束後，布魯克為了完成和拉布的約定，以音樂家身份加入草帽壹夥。