1、配制清洗液
2、低流量輸入清洗液
首先用清洗水泵混合壹遍清洗液，預熱清洗液時應以低流量。然後以盡可能低的清洗液壓力置換元件內的原水，其壓力僅需達到足以補充進水至濃水的壓力損失即可，即壓力必須低到不會產生明顯的滲透產水。低壓置換操作能夠較大限度的減低汙垢再次沈澱到膜表面，視情況而定，排放部分濃水以防止清洗液的稀釋。
3、循環
當原水被置換掉後，濃水管路中就應該出現清洗液，讓清洗液循環回清洗水箱並保證清洗液溫度恒定。
4、浸泡
停止清洗泵的運行，讓膜元件完全浸泡在清洗液中。有時元件浸泡大約1小時就足夠了，但對於頑固的汙染物，需要延長浸泡時間，如浸泡10~15小時或浸泡過夜。為了維持浸泡過程的溫度，可采用很低的循環流量。
5、高流量水泵循環
高流量能沖洗掉被清洗液清洗下來的汙染物，如果汙染嚴重，請采用高於表1所規定的50%的流量將有助於清洗，在高流量條件下，將會出現過高壓降的問題，單元件較大允許的壓降為1bar(15psi)，對多元件壓力容器較大允許壓降為3.5bar(50psi)，以先超出為限。
6、沖洗
預處理的合格產水可以用於沖洗系統內的清洗液，除非存在腐蝕問題(例如，靜止的海水將腐蝕不銹鋼管道)。為了防止沈澱，較低沖洗溫度為20oC。附註在酸洗過程中，應隨時檢查清洗液pH值變化，當在溶解無機鹽類沈澱消耗掉酸時，如果pH的增加超過0.5個pH值單低，就應該向清洗箱內補充酸，酸性清洗液的總循環時間不應超過20分鐘，超過這壹時間後，清洗液可能會被清洗下來的無機鹽所飽和，而汙染物就會再次沈積在膜表面，此時應用合格預處理產水將膜系統及清洗系統內的第壹遍清洗液排放掉，重新配置清洗液進行第第遍酸性清洗操作。如果系統必須停機24小時以上，則應將元件保存在1%(重量比)的亞硫酸氫鈉水溶液中。在對大典系統清洗之前，建議從待清洗的系統內取出壹支膜元件，進行單元件清洗效果試驗評估。
7、清洗多段系統
在多段系統的沖洗和浸泡步驟中，可以對整個系統的所有段同時進行，但是對於高流量的循環必須分段進行，以保證循環流量對第壹段不會太低而對最後壹段不會太高，這可以通過壹臺泵每次分別清洗各段或針對每段流量要求設置不同的清洗泵來實現。