生信入门的第一步就是要学会安装软??件,但有些软件的安装和编译比较麻烦,这个时候就会怀念windows系统的方便。
根据生信技能树和菜鸟 团里的介绍,linux系统也有这种自动式的安装软件的方式,因此,开始体验使用conda来安装软件。
安装简单,只需要在服务器上运行即可
此时会在home目录下生成miniconda3的文件夹,并更新下环境变量。
注:如果安装后不想在终端前显示(base)
conda install fastqc(软件名)
其中fastqc查看软件安装位置
conda list 可以查看已安装软件列表,conda默认安装软件的最新版本,如果想安装指定版本的某 个软件,可以先用“conda搜索软件名”搜索软件版本。
星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本,输入:
conda install 软件名=版本号
此时conda会先卸载已安装版本,然后重新安装指定版本。
如果想要安装列表中的软件,可进入该软件的conda 主页,比如cutadapt[ /1906.html] ;
/thread-838-1-1.html 。