計劃經濟時代,商務局的下屬單位主要有：百貨公司、糖酒公司、食品公司、五金公司、飲食服務公司、煤建公司、商業聯合公司、商業儲運公司、石油公司、曲酒廠、老酒廠、糖果廠、釀造廠、商業職工學校、三八旅社、交通旅社、人民旅社、躍進旅社等。
負責商務部黨風廉政建設反腐敗和行政監察工作。開展黨紀教育，提高黨員幹部遵紀守法的自覺性。檢查黨的路線、方針、政策和決議的執行情況，作出維護黨紀的決定。開展領導幹部廉潔自律工作，對黨員領導幹部進行廉政監督；對同級和下級黨的委員會進行監督；對幹部選拔任用工作進行監督檢查。受理檢舉和控告，做好群眾來信來訪工作；檢查和處理違紀違規案件，決定或取消對這些案件中的黨員處分；受理黨員的控告和申訴；保障黨員民主權利不受侵犯。推動商務部紀檢幹部隊伍建設。承辦上級黨組織和紀檢監察部門交辦的任務。
國家商務部下屬各局和企業：
1、機關服務局
承擔部機關後勤服務保障工作，與部機關簽訂並履行後勤服務合同。承擔部機關委托管理的服務性、事務性較強的後勤行政管理職能，與部機關簽訂並履行委托協議。承擔部機關交由其占有、使用的國有資產的經營管理，使經營性資產保值增值。監督管理機關服務局所屬經營單位經營活動。承辦商務部交辦的其他事項。
2、外貿發展局
執行國家外貿發展戰略、規劃和政策，為我國企業開拓國際市場提供相關服務，促進中外企業間的雙向交流與合作，擴大我國產品在國際市場上的知名度和份額，增強我國企業國際競爭力。開展進出口促進公***服務工作
3、投資促進事務局
執行我國“引進來”、“走出去”相關政策，為我國吸收外資和企業對外投資提供雙向投資促進服務
4、國際經濟合作事務局
商務部國際經濟合作事務局是根據“決策、執行、監督相互協調、相對分離”的行政體制改革精神，為加強我國對外援助工作管理，於2003年7月組建的商務部直屬事業單位。
5、國際貿易經濟合作研究院(商務出版社)
商務部國際貿易經濟合作研究院（以下簡稱研究院）系商務部直屬事業單位，是集經貿研究、信息咨詢、新聞出版、教育培訓於壹體的綜合性、多功能社會科學研究咨詢機構。
6、中國國際經濟技術交流中心
通過開展多雙邊經濟技術交流和國際發展合作，支持改革開發，推動經濟和社會的協調發展，幫助受援國增強自主發展能力，增進中國與受援國友誼，推進構建人類命運***同體，促進中國全面建成小康社會和聯合國可持續發展目標的實現。
7、配額許可證事務局
配額許可證事務局是商務部直屬事業單位，是貫徹落實商務部進出口許可證件管理政策的執行部門，是商務部唯壹授權的許可證簽發管理機構，同時承擔商務部行政事務服務中心的日常管理和各項事務工作
8、國際商報社
“中國商務新聞網”由國家商務部國際商報社主辦，是經國家互聯網信息辦公室批準，全國商務系統網絡宣傳和信息服務的重要窗口，我國商務領域具有行業獨占性和權威性的信息資訊服務網絡平臺。
9、培訓中心
商務部國際商務官員研修學院是商務部直屬的唯壹的教育培訓機構，成立於1980年，由原外經貿部管理幹部學院、亞太地區國際貿易培訓中心合並而成。學院的主要職責是負責全國援外培訓協調管理、援外培訓執行、商務領域業務培訓、黨校培訓和會議服務。
10、中國對外貿易中心
中國對外貿易中心以其62年的專業辦展經驗、卓越的業績、專業的服務在中國會展業中占有舉足輕重的地位。
11、中國國際電子商務中心
12、流通產業促進中心
13、中國服務外包研究中心
中國服務外包研究中心（以下簡稱“研究中心”）是商務部直屬正司（局）級事業單位。
14、中國國際進口博覽局
中國國際進口博覽會不僅是中國為世界各國展示國家發展成就、開展國際貿易搭建的開放型國際合作平臺，也是中國為世界各國探討國際貿易和世界經濟重大議題、完善全球經濟治理提供的國際公***產品。
法律依據：
《中華人民***和國行政許可法》
第十二條
下列事項可以設定行政許可：
（壹）直接涉及國家安全、公***安全、經濟宏觀調控、生態環境保護以及直接關系人身健康、生命財產安全等特定活動，需要按照法定條件予以批準的事項；
（二）有限自然資源開發利用、公***資源配置以及直接關系公***利益的特定行業的市場準入等，需要賦予特定權利的事項；
（三）提供公眾服務並且直接關系公***利益的職業、行業，需要確定具備特殊信譽、特殊條件或者特殊技能等資格、資質的事項；
（四）直接關系公***安全、人身健康、生命財產安全的重要設備、設施、產品、物品，需要按照技術標準、技術規範，通過檢驗、檢測、檢疫等方式進行審定的事項；
（五）企業或者其他組織的設立等，需要確定主體資格的事項；
（六）法律、行政法規規定可以設定行政許可的其他事項。