抗原與抗體的特異性結合是基於抗原決定簇(表位)與抗體超變區分子間的結構互補性親和性。這種特性是由抗原、抗體分子空間構型所決定的。二者的結合是抗原決定簇與抗體超變區的溝槽分子表面的結合。除二者分子構型高度互補外，抗原表位與抗體超變區必須緊密接觸，才可能有足夠的結合力。抗原抗體反應可分為兩個階段：第壹階段為特異性結合階段，僅需時數秒至數分鐘，不出現可見反應。第二階段為可見反應階段，需時數分鐘至數小時，此階段抗原抗體在適當的電解質、PH、溫度和補體等的影響下進壹步交聯聚集，出現凝集、沈澱、溶解和補體結合介導的溶細胞、溶菌等肉眼可見的反應。