壹、結構上不同
脫氧核糖核苷三磷酸在結構上比脫氧核糖核苷酸多了三個磷酸基團，多兩個高能磷酸鍵。
二、二者的成分組成不同
1、脫氧核糖核苷三磷酸：主要包括腺嘌呤脫氧核糖核苷三磷酸（ATP），鳥嘌呤脫氧核糖核苷三磷酸（GTP），胞嘧啶脫氧核糖核苷三磷酸（CTP），胸腺嘧啶脫氧核糖核苷三磷酸（TTP)。
2、脫氧核糖核苷酸：包括腺嘌呤脫氧核糖核苷AMP，鳥嘌呤脫氧核糖核苷GMP，胞嘧啶脫氧核糖核苷CMP，胸腺嘧啶脫氧核糖核苷TMP。
三、二者性質不同
脫氧核糖核苷三磷酸因含有高能磷酸鍵 ，故能帶有能量(且釋放量大,不能長期儲存)；脫氧核糖核苷酸為DNA的基本單位(1分子脫氧核糖核苷酸+1分子五碳糖+1分子堿基)。
百度百科——脫氧核糖核苷三磷酸
百度百科——脫氧核苷酸