身體較長且扁平，成魚身體左右不對稱，眼睛只生長在身體的壹側，具有魚類中獨壹無二的不對稱結構。
剛出生的比目魚體形和正常魚類是壹樣的，兩只眼睛位於頭頂兩側，嘴巴位於腹中線上。當幼魚逐漸長大，壹只眼睛便逐漸移動到頭頂，直至另壹側，嘴巴也逐漸扭曲，直到成年比目魚永久性地以單側躺在海底！
多數比目魚種類的雌雄兩性之間沒有明顯的區別