1、建成啟用時間不同：廈門高崎國際機場t3航站樓是1996年建成，並啟用；t4是2014年建成，並啟用。
2、規模不同：t3航站樓是廈門高崎國際機場的主要航站樓之壹，規模較大；t4航站樓相對較小。
3、分工不同：t3航站樓可以辦理港龍航空、立榮航空、全日空航空等19家國際和地區間航班以及廈航、南航和河北航空的國內航班；t4航站樓可以辦理除廈航、南航和河北航空的其他所有國內航班。
4、設施和服務不同：t3航站樓內的設施和服務較為完善，包括購物、餐飲等；t4航站樓規模較小，設施和服務相對較少。