根據上述職責，市環保局設9個內設機構： 承擔對全市民用核技術輻射安全和防護及電磁輻射環境保護的監督管理；承擔輻射安全許可證核發的相關工作；承擔電離輻射和電磁輻射建設項目環境影響評價文件的審批及竣工環境保護驗收工作；牽頭協調本市較大輻射事件和糾紛的應急、調查處理工作。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。