4月27日，臺當局教育部門駁回臺大校長任命。
給出的駁回原因是，“學術倫理及基本誠信未被彰顯”，將要求重新回到校長候選人推薦資格初審階段，就被推薦人所提供的資料文件進行整體審查，並在結束完整推薦及遴選程序後，再依程序報當局教育部門。
臺當局當晚作出決定後，隨即遭到各方口誅筆伐。
臺大校長遴選過程中，管中閔曾遭質疑赴大陸廈門大學兼課、兼職。
對於此事，當局教育部門副負責人林騰蛟27日說，“目前並未發現管中閔在兼職、兼課上有違反重大行政規範”。
對臺大而言，當局教育部門執意破壞大學自主原則，執意逼迫臺大重啟遴選機制，臺大當然不會乖乖就範，肯定會提起行政訴訟，這意味臺大將會有1年半以上的時間沒有校長！此外，臺大還陷入聘不到優秀師資的困境。由於教授薪資長期低迷，壹流學術人才正在快速離開臺灣。
臺灣大學，簡稱臺大，成立於1928年，是坐落於中國臺灣省臺北市的壹所研究型公立綜合性大學，素有“臺灣第壹學府”之稱。
臺灣大學是臺灣“邁向頂尖大學計劃”的12所成員校之壹，環太平洋大學聯盟成員，在2016年英國QS大學排名中位居全球第68位，亞洲高校第21位，臺灣地區第1位，是壹所在國際上享有較高學術聲譽的大學。
截至2013年12月，臺灣大學校區分布於臺北、宜蘭、新竹、雲林以及中部高山地區，校地面積約3萬4千公頃，占臺灣總面積的百分之壹；目前已有11個學院，以及3個專業學院，***約54學系、109研究所，另設有30余個各學術領域之國家級或校級研究中心，是臺灣規模最大的頂尖綜合性大學。