米歇爾·福柯1926年出生於法國普瓦捷的壹個鄉村家庭，其父保羅是壹個外科醫生。他的原名是保羅-米歇爾·福柯，後來他將名字中的保羅放棄了，這可能和他同他父親之間相當緊張的關系有關。他壹開始的成績中上，但當他進入耶穌會辦的壹個中學後，他的成績十分優秀。在這段時間裏，普瓦捷屬於維希法國，後來被德國占領。戰後，福柯進入了法國最富盛名的巴黎高等師範學校，這是法國傳統的通向學術生涯的門戶。
福柯在巴黎高師的時間對他來說是非常重要的，當時法國對德國哲學家如黑格爾、胡塞爾、海德格爾和尼采的興趣越來越強，福柯的教授之壹，讓·依波利特，是壹位非常有名的翻譯家和德國哲學的專家。梅洛·龐蒂當時也在巴黎高師教學，他對於存在主義和現象學的課程在包括福柯在內的壹部分學生中非常受歡迎。在他在巴黎高師的後期，他與法國最著名的哲學家和科學史學家之壹，喬治·康奎荷姆，建立了關系。
福柯在巴黎高師的私人生活並不快樂，他患有嚴重的憂郁癥，甚至企圖自殺。他受到壹個心理學家的看護。雖然如此，或者正因為如此，他對心理學非常感興趣。因此他不但得到了哲學的教育，而且還得到了心理學的教育，他甚至參加了這門學科的臨床實踐，在那裏，他與路德維希·賓斯萬格爾等思想家接觸。
最後福柯還受到了馬克思主義的影響，如其他許多巴黎高師的學生，他在1950年至1953年間是法國***產黨員。他是被他的教師阿爾都塞介紹進去的。與其他許多人相同，他因為斯大林統治下的蘇聯的情況退出了***產黨。與其他許多人不同的是他從未參加過***產黨的活動。
1950年福柯通過畢業考試，他在巴黎高師教了壹段時間書，但他對此並不感興趣，因此他很快就離開了法國。他的壹個教師和朋友喬治·杜梅澤爾為他找到了壹個在瑞典烏普薩拉大學作為法國文化代表的職位，從1954年到1970年他在烏普薩拉大學、在波蘭華沙和在德國漢堡大學充當文化代表。此後他到法國克萊蒙費朗第壹大學教哲學，在那裏他遇到了丹尼爾·德菲。只要他在法國，他後來就壹直與德菲生活在壹個非單配性的關系中。早在高師期間，福柯即表現出對心理學和精神病學的極大興趣，恰好他父母的壹位世交雅克琳娜·維爾道（Jacqueline Verdeaus）就是心理學家，而雅克琳娜的丈夫喬治·維爾道則是法國精神分析學大師雅克·拉康的學生。因此，在維爾道夫婦的影響下，福柯對心理學和精神分析學進行了系統深入的學習，並與雅克琳娜壹道翻譯了瑞士精神病學家賓斯萬格爾（Ludwig Binswanger）的著作 《夢與存在》 。書成之後，福柯應雅克琳娜之請為法文本做序，並在1953年復活節之前草就壹篇長度超過正文的序言。在這篇長文中，他日後光彩奪目的寫作風格已經初露端倪。1954年，這本罕見的序言長過正文的譯作由德克雷·德·布魯沃出版社出版，收入《人類學著作和研究》叢書。同年，福柯發表了自己的第壹部專著《精神病與人格》，收入《哲學入門》叢書，由法國大學出版社出版。福柯後來對這部著作加以否定，認為它不成熟，因此，1962年再版時這本書幾乎面目全非。
1955年8月，在著名神話學家喬治·杜梅澤爾（Georges Dumezil）的大力推薦下，福柯被瑞典烏普薩拉大學聘為法語教師。在瑞典期間，福柯還兼任法國外交部設立的“法國之家”主任，因此，教學之外，他花了大量時間用於組織各種文化交流活動。在瑞典的3年時間裏，福柯開始動手撰寫博士論文。得益於烏普薩拉大學圖書館收藏的壹大批16世紀以來的醫學史檔案、書信和各種善本圖書，也得益於杜梅澤爾的不斷督促和幫助，當福柯離開瑞典時《瘋癲與非理智——古典時期的瘋癲史》 已經基本完成。
1958年，由於感到教學和工作負擔過重對，福柯提出辭職，並於6月間回到巴黎。兩個月後，還是在杜梅澤爾的幫助下，同時也因為福柯在瑞典期間表現的出色組織能力，他被法國外交部任命為設在華沙大學內的法國文化中心主任。這年10月，福柯到達波蘭，不過他並沒有在那兒待太久，原因倒也富於戲劇性：他中了波蘭情報機關的美男計。福柯從很早時候起就是同性戀，對此他倒不加掩飾，就個人生活而言，這位老兄顯然夠得上“風流”的美名。然而50年代正是東西方冷戰正酣之時，兩方都在挖空心思的相互刺探。恰恰在1959年，法國駐波蘭大使館文化參贊告假，大使本已有心提拔福柯，便壹面讓他代行參贊職務，壹面行文報請正式任命。所以波蘭情報機構乘虛而入，風流成性的年輕哲學家合當中計。
離開波蘭後，福柯繼續他的海外之旅，這壹次是目的地是漢堡，仍然是法國文化中心主任。1960年2月，福柯在德國最終完成了他的博士論文。這是壹本在厚度和深度上都同樣令人咋舌的大書：全書包括附錄和參考書目長達943頁，考察了自17世紀以來瘋癲和精神病觀念的流變，詳盡梳理了在造型藝術、文學和哲學中體現的瘋癲形象形成、轉變的過程及其對現代人的意義。按照慣例，申請國家博士學位的應該提交壹篇主論文和壹篇副論文，福柯因此決定翻譯康德的《實用人類學》並以壹篇導言作為副論文，雖然這壹導言從來沒有出版，但福柯研究者們發現，他後來成熟並反映於《詞與物》、《知識考古學》中的壹些重要概念和思想，在這篇論文中其實已經形成。
應福柯之請，他以前在亨利四世中學的哲學老師，時任巴黎高師校長的讓·伊波利特（Jean Hyppolite）欣然同意作副論文的“研究導師”，並推薦著名科學史家、時為巴黎大學哲學系主任的喬治·岡奎萊姆（Georges Conguilhem）擔任他的主論文導師。後者對《瘋癲史》贊譽有加，並為他寫了如下評語“人們會看到這項研究的價值所在，鑒於福柯先生壹直關註自文藝復興時期至今精神病在造型藝術、文學和哲學中反映出來的向現代人提供的多種用途；鑒於他時而理順、時而又搞亂紛雜的阿莉阿德尼線團，他的論文融分析和綜合於壹爐，它的嚴謹，雖然讀起來不那麽輕松，但卻不失睿智之作……因此，我深信福柯先生的研究的重要性是毋庸置疑的。” 1961年5月20日，福柯順利通過答辯，獲得文學博士學位。這篇論文也被評為當年哲學學科的最優秀論文，並頒發給作者壹枚銅牌。
還在福柯通過博士論文答辯以前，克萊蒙－費朗大學哲學系新任系主任維也曼在讀完《瘋癲史》手稿後，即致函尚遠在漢堡的作者，希望延聘他為教授。福柯欣然接受，並於1960年10月就任代理教授，1962年5月1日，克萊蒙-費朗大學正式升任福柯為哲學系正教授。在整個60年代，福柯的知名度隨著他著作和評論文章的發表而急劇上升：1963年《雷蒙·魯塞爾》和《臨床醫學的誕生》 ，1964年《尼采、弗洛伊德、馬克思》以及1966年引起極大反響的《詞與物》。
1968年5月事件促使法國教育行政當局反思舊大學制度的缺陷，並開始策劃改革之法。作為實驗，1968年10月間，新任教育部長艾德加·富爾決定在巴黎市郊的萬森森林興建壹座新大學，它將擁有充分的自由來實驗各種有關大學教育體制改革的新想法。福柯被任命為新學校的哲學系主任。但是，萬森很快就陷入無休止的學生罷課、與警察的臨街對峙乃至火爆沖突中，福柯的哲學系也在極左派的吵嚷聲中成為動亂根源。在萬森兩年，是使福柯感到筋疲力盡的兩年。
1972年12月2日，對福柯來講是壹個具有紀念意義的日子，這壹天，他走上了法蘭西學院高高的講壇，正式就任法蘭西學院思想體系史教授。進入法蘭西學院意味著達學術地位的顛峰：這是法國大學機構的“聖殿中的聖殿”。
70年代的福柯積極致力於各種社會運動，他運用自己的聲望支持旨在改善犯人人權狀況的運動，並親自發起“監獄情報組”以收集整理監獄制度日常運做的詳細過程；他在維護移民和難民權益的請願書上簽名；與薩特壹起出席聲援監獄暴動犯人的抗議遊行；冒著危險前往西班牙抗議獨裁者佛朗哥對政治犯的死刑判決……。所有這壹切都促使他深入思考權力的深層結構及由此而來的監禁、懲戒過程的運作問題。這些思考構成了他70年代最重要壹本著作的全部主題——《規訓與懲罰》。
福柯的最後壹部著作《性史》的第壹卷《求知意誌》在1976年12月出版，這部作品的目的是要探究性觀念在歷史中的變遷和發展。福柯對這部性的觀念史寄予厚望，並以務求完美的態度加以雕琢，大綱和草稿改了壹遍又壹遍，以至最終文本與最初計劃相差甚大。這又是壹部巨著，按照福柯最後的安排，全書分為四卷，分別為《求知遺誌》、《快感的享用》、《自我的呵護》、《肉欲的告贖》。可惜的是，作者永遠也看不到它出齊了，1984年6月25日，福柯因艾滋病在巴黎薩勒貝蒂爾醫院病逝，終年58歲。 福柯後來在美國待了很久，首先在水牛城大學，後來在加州大學伯克利分校。福柯在舊金山的同性戀社群中，猶其在BDSM社群中的活動使他染上了艾滋病，因為當時人們還不知道這種病。1984年福柯逝世於巴黎，壹開始壹些他的朋友和家庭成員否認他死於艾滋病。