2002年9月17日舉行的第壹次日朝首腦會談中，朝鮮國防委員會委員長金正日首次承認朝鮮壹直以來都在綁架日本人，並為此道歉。而朝鮮外交部的新聞發言人當天也就此事件發表談話表示朝鮮將讓受害者返回日本。
5名受害者回到日本
2002年10月15日，部分受害者返回日本。他們是：地村保誌，富貴惠，蓮池薰，祐木子以及曾我瞳。10月24日，日本政府發表申明，要求歸國的5名受害者留在日本，並要求朝方盡快移送其親屬到日本。
第12次日朝邦交正常化談判
因為朝鮮表示部分受害者已經死亡或者無法查證是否曾經進入朝鮮，日本政府決定成立事實調查小組並會見了部分回國的受害者。2002年10月29日，日本政府在吉隆坡舉行的第12次日朝邦交正常化談判中，日本政府進壹步根據朝鮮政府提供的材料提出了150項疑點，並要求朝鮮重新調查。 2004年5月22日，時任日本內閣總理大臣的小泉純壹郎再次訪朝，雙方就綁架等日朝之間的問題，以及核、導彈等有關東北亞地區和平與穩定的安全保障問題等進行了會談。朝方同意地村保誌及富貴惠的家屬、蓮池薰及祐木子的家屬***計5人於當天去日本。但就另壹受害人曾我瞳的3名家屬朝方不準其當日前往日本，小泉親自協調未果。後於同年的7月18日，他們才到達日本。
日朝工作人員磋商（2004年8月）
2004年8月11日以及8月12日，雙方工作人員在中國北京進行了第壹次磋商。朝鮮提交了有關日本認定之生死不明者的調查資料。
日朝工作人員磋商（2004年9月）
2004年9月25日以及9月26日，雙方工作人員在中國北京進行了第二次磋商。朝鮮再次提交了有關日本認定之生死不明者的調查資料。
日朝工作人員磋商（2004年11月）
2004年11月9日至11月14日，雙方在朝鮮首都平壤進行了第三次磋商。日本事件調查組聽取了十六名證人的證言，並前往與綁架事件有關的設施進行考察。
日本質疑（2004年12月）
2004年12月24日，日本就調查結果向受害者家屬作出說明。並於次日（12月25日），向朝方表示日本方面進行的調查結果嚴重質疑之前朝方的調查報告，並向朝方轉交了問題疑點之壹的，由朝方提供的受害人橫田惠的遺骨的調查報告。日本方面認為那不是橫田惠的遺骨。並且獨立的DNA檢測實驗也不支持那些遺骨來自橫田惠本人。 2006年2月4日至2月8日，雙方在中國北京進行了壹攬子會談。會談主要包括：有關綁架問題等的懸而未決事項的磋商，有關朝核問題、導彈問題等安全保障的磋商以及邦交正常化交涉等三個議題。日方再次強烈要求朝方讓綁架受害者返回日本、保證展開旨在徹底查明真相的重新調查以及將實施綁架的罪犯引渡日本。對此，朝方仍重復所有幸存者已經全部回到日本等之與以前壹樣的解釋。關於徹底查明真相，朝方表示已將秉承誠意並付出努力而進行調查的事實真相全部如實告知了日方。朝方沒有保證繼續進行有關生死不明者的重新調查。另外關於引渡實施綁架的罪犯壹事，朝方以這是政治問題等為由而拒絕引渡。朝方還以觸犯朝鮮國內法律為由提出引渡參加支援朝鮮人逃離朝鮮的7名日本人等要求。
朝鮮發射彈道導彈及宣布實施了核實驗（2006年7月、10月）
日朝邦交正常化工作組（2007年3月）
2007年3月，在根據朝核問題六方會談有關決議成立的朝日關系正常化工作組之第壹次會議上，日方再次向朝方提出要求：確保所有綁架受害者及其家屬的安全並盡快讓他們回到日本、徹底查明真相、引渡實施綁架的罪犯。
朝鮮發表外交部備忘錄（2007年7月）
2007年7月20日，朝方譴責日本在綁架問題方面的對應措施，發表了宗旨為綁架問題已經終結的外交部備忘錄。7月25日，日本外務省表示無法接受該備忘錄。