隆慶元年（1567年），徐階被禦史齊康控告，海瑞說：“徐階侍奉死去的皇帝（世宗），未能挽救世宗犯（祈求）神仙（大興）土木的錯誤，（這是因為）他害怕皇帝之威，要保自己的官位，確也有這回事。但自他參政以來，勤於操勞國事，樂而有節，也有許多值得贊揚之處。而齊康卻甘心作高拱的鷹犬，供人驅使，搏擊亂咬好人有如禽獸，他的罪惡則又超過了高拱。”人們認為海瑞的話是對的。
海瑞歷任兩京左右通政，隆慶三年（1569年）夏天，以右全都禦史的身份巡撫應天十府。應天府所屬的官吏害怕他的威嚴，有貪汙的官員，大多自動請求免職離開。有權勢的人家，原先用油漆把門塗成紅色，聽說海瑞來了，就把門塗成黑色。管理織造皇室絲織品的宦官，也因（海瑞的到來）而減少車馬隨從（等排場）。海瑞積極地想辦法舉辦（新政），改革（弊政），報請疏浚吳淞口、白茆浦，使江流流入大海，人民靠他的改革而得到好處。（海瑞）壹向痛恨富豪大戶兼並（農民的土地），大力打擊有權有勢的（官吏豪富），安撫貧窮無依的（老百姓）。貧苦百姓的田地被有錢有勢兼並的，壹概奪回還給他們。徐階被免去宰相在家居住，海瑞（照樣）考察審問他家，壹點也不寬容。他下令雷厲風行，他的下屬各司害怕而（十分）小心執行。豪強有權勢的人甚至逃竄到別的郡去來躲避（海瑞）。
（他）又裁減驛站等處過多的費用，官僚貴族來到海瑞所管轄的地區壹律得不到招待。由於這樣，怨恨的話就逐漸多起來了。不久，給事中戴鳳翔彈劫海瑞包庇刁民，把官宦作魚肉來欺淩，為（自己）爭名而搞亂政紀，於是（朝廷）就調海瑞作南京督糧道。海瑞作為吳地（應天十府）的巡撫才半年，老百姓聽說（他）要離開了，啼哭之聲充滿道路，家家畫（海瑞）像來祭祀他。（摘自《明史·海瑞傳》）