申請高新技術企業認定的流程可以歸納為以下幾個步驟：
1、企業自我評價及申請
企業首先需要對照《高新技術企業認定管理辦法》進行自我評價，認為符合條件的，可提出認定申請。
2、註冊登記
企業需要在“高新技術企業認定管理工作網”（網址）進行註冊登記，並獲取系統註冊號。
3、提交申請材料
企業繼續在該網站按要求填寫《高新技術企業認定申請書》 ，並通過網絡系統提交至認定機構。需要準備以下主要材料：
（1）高新技術企業認定申請書；
（2）證明企業依法成立的相關註冊登記證件（如企業營業執照副本、稅務登記證等）；
（3）知識產權相關材料、科研項目立項證明、科技成果轉化、研究開發的組織管理等相關材料；
（4）企業高新技術產品（服務）的關鍵技術和技術指標、生產批文、認證認可和相關資質證書、產品質量檢驗報告等相關材料；
（5）企業職工和科技人員情況說明材料；
（6）經具有資質的中介機構出具的企業近三個會計年度研究開發費用和近壹個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計或鑒證報告，並附研究開發活動說明材料；
（7）經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務報表（含資產負債表、損益表、現金流量表，實際年限不足三年的按實際經營年限）；
（8）近三年企業所得稅年度納稅申報表。
4、合規性審查
認定機構會對申請材料進行合規性審查，並可能組織專家進行評審。
5、認定、公示與備案
認定機構結合專家組評審意見，對申請企業進行綜合審查，提出認定意見並在中國高新技術企業認定管理工作網公示10個工作日，無異議的，報領導小組辦公室備案，在“高新技術企業認定管理工作網”上公告認定結果，並向企業頒發統壹印制的“高新技術企業證書”。
高新技術企業是什麽
高新技術企業是指在《國家重點支持的高新技術領域》內，進行持續的研究開發與技術成果轉化，形成企業核心自主知識產權，並以此為基礎開展經營活動的居民企業。這些企業是中國在壹些重點技術領域內，通過開展持續的研究開發與技術成果轉化，形成企業核心自主知識產權，並以此為基礎開展經營活動的居民企業。