中药化学与天然药物化学区别为：性质不同、研究内容不同、用处不同。
一、性质不同
1、中药化学：中药化学是结合中医药基本理论和临床用药经验，主要运用化学的理论和方法及其他科学理论和技术等研究中药化学成分的学科。
2、天然药物化学：天然药物化学是运用现代科学理论与方法研究药用植物或植物中具有生理活性成分的化学分支学科。
二、研究内容不同
1、中药化学：中药化学的研究内容为中药
2、天然药物化学：天然药物化学的研究内容为药用植物或植物中活性成分的提取、分离、结构测定，必要的结构改造以及合成
三、用处不同
1、中药化学：中药化学可以对药物的构效关系的探讨提供新的观念和途径。
2 、天然药物化学：天然药物化学可以为植物成分生源关系和化学植物分类学的研究提供数据。