1、目標不同。內部控制是建立相互制約的管理關系，目的是改善經營管理；內部審計是對各種業務進行評價，是否合規。
2、手段不同。內部控制手段主要有環境控制、風險評估、活動控制、信息與溝通、監控等；內部審計主要手段是查證、函證、抽樣、座談、調查等。
3、關註點不同。內部控制的關註點是管理流程、制度和崗位約束、制度的有效性、關鍵崗位等；內部審計的關註點是各項指標完成情況，異常財務現象，財務規範性等。
4、對象不同。內部控制的對象是整個企業的各個環節；內部審計是相關環節和財務相關信息。