2003年建校。
2005年5月9日，兗州壹中和孔子學府合並辦學，新學校名稱為兗州壹中孔子學府高中部。 至此，原兗州壹中，孔子學府組成新的兗州壹中。5月9日，兗州壹中、孔子學府聯合辦學簽字儀式暨兗州壹中孔子學府高中部成立揭牌儀式在孔子學府舉行。兗州市人大副主任董開明、市政協副主席劉春出席儀式。
兗州市教育局副局長石晶宣讀了兗教字〔2005〕2號文《關於同意兗州壹中、孔子學府聯合舉辦高中部的批復》。兗州壹中校長杜金山和孔子學府董事長宮學彬在聯合協議書上簽字。市人大副主任董開明、市政協副主席劉春為兗州壹中孔子學府高中部的成立揭牌。經兗州市教育局批準，兗州壹中、孔子學府聯合舉辦兗州壹中孔子學府高中部。該高中部設在孔子學府院內，由兗州壹中輸出優質管理模式和先進教育教學理念，校長杜金山擔任教學總監，高中部負責人由兗州壹中選派。孔子學府提供現代化的教育教學和生活設施。
兗州壹中孔子學府高中部的建立，是兗州壹中和孔子學府強強聯合的結果。兗州壹中創建於1943年，是山東省首批規範化學校，全國首批培養體育後備人才試點學校，山東省體育傳統項目學校，山東省電化教學示範學校、山東省創新教育先進單位。兗州壹中擁有壹流的教學設施，雄厚的師資力量，嚴格高效的管理模式。建校62年來，為社會培養了6萬多名高素質的人才。
兗州市人大副主任董開明指出，兗州壹中、孔子學府聯合舉辦兗州壹中孔子學府高中部，這是我市普通高中教育發展史上的壹件喜事，開創了我市國辦、民辦學校聯合的先河。兗州壹中要精心選派責任心強、具有豐富教育教學管理經驗的人員組成管理隊伍，為孔子學府提供最好的教學服務。孔子學府要增強責任感，為高中部學生提供生活、實驗、教學、醫療等設施和服務工作，做好學生的教育和日常管理工作，兗州壹中、孔子學府要按照合作協議，明確職權分工，依法教育，為兗州教育事業發展做出新的貢獻。